| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 834,647 | A→G | 18.0% | P1035P (CCA→CCG) | narG → | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 834,647 | 0 | A | G | 18.0% | 269.1 / 49.9 | 128 | P1035P (CCA→CCG) | narG | nitrate reductase 1, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/56); new base G (14/9); total (63/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.89e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CCTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTACGCTCTCTGGTCGTCAGCAACTGTATCAGGATCACCAGTGGATGCGTGATTTCGGTGAAA > Exported/834577‑834714 | ccTGGTCTGGTCTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCa < 1:2859978/71‑1 (MQ=255) tggtctggtcTGGAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATg > 1:4345503/1‑71 (MQ=255) gtccggtctgGAAAGCGATCACGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTgg < 1:4443603/70‑1 (MQ=255) ctggtctggAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCg > 1:1296049/1‑70 (MQ=255) tggtctggAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCa < 1:1082990/64‑1 (MQ=255) tggtctggAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCa < 1:1249383/64‑1 (MQ=255) gtctggAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGt < 1:191628/68‑1 (MQ=255) gtctggAAGATGAACACGTTTCTTACAACGCCGGTTACACCAACGTTCACGAGCTGATCCCATGGCGTAc < 1:3967120/70‑1 (MQ=255) gtctggAAAGCGATCACGTCTCCTATAACGCGGGATACACCAACGTTCATGAGTTAATTCCGTGGCGCACg 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |