| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | Exported | = 436833 | 83 (1.130) | 559 (7.620) | 72/96 | NT | 84.1% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | Exported | 1803907 = | 128 (1.750) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
Only 100 of 672 total aligned reads displayed.
ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Exported/436765‑436833‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > Exported/1803907‑1803976 ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG < 1:97292/71‑1ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:3226401/1‑71 TCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGG > 1:780757/1‑71 CGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGC > 1:2475396/1‑71 CGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGC > 1:5030776/1‑71 ACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGA < 1:4426663/71‑1 CACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGA > 1:4496461/1‑70 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:4835129/71‑1 ATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:3048964/71‑1 TCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:1892084/70‑1 TCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT > 1:3185342/1‑70 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT > 1:137655/1‑71 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT > 1:2341243/1‑71 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:4341827/71‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA < 1:1549037/70‑1 TGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:274840/71‑1 TGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:263157/71‑1 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:3335273/71‑1 TCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTC < 1:2816380/71‑1 TCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:4888281/66‑1 TCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA < 1:2895385/64‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAC > 1:2559853/1‑50 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAAC > 1:4761921/1‑50 ATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCAT < 1:3781724/70‑1 CAATTCCCGGCGGATTTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:3453630/60‑1 CAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:1098788/60‑1 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCC > 1:3507930/1‑70 ATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA > 1:657656/1‑70 TCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT > 1:5160985/1‑71 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG > 1:4298793/1‑71 gGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCAT < 1:2281478/59‑1 CGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA < 1:2780851/71‑1 CGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:3435004/46‑1 GGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:4212721/48‑1 GGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:104678/45‑1 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG > 1:1940486/1‑71 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGT > 1:54968/1‑71 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:4377845/51‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:1154243/49‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:4519358/49‑1 GATTGAGGAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:907027/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:1686896/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT > 1:3994180/1‑70 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:3927841/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:2959883/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:1618076/70‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT > 1:3102222/1‑70 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:845463/55‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:1361946/55‑1 GATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGA < 1:3393296/35‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA < 1:170102/71‑1 ATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:2524451/1‑40 TTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:4113134/1‑39 GAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTC > 1:1827234/1‑63 GAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTC > 1:3710032/1‑63 GAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA > 1:2854088/1‑45 AGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATG < 1:4045114/38‑1 GAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:807980/1‑35 GAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAA > 1:953949/1‑35 AAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAG > 1:1783550/1‑38 AGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCAT > 1:1262490/1‑71 GGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATT > 1:5045837/1‑71 GTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:508256/45‑1 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTG > 1:2114183/1‑70 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTG > 1:2206707/1‑70 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:1656004/44‑1 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:1751869/44‑1 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:4571366/36‑1 TTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:101805/36‑1 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:5189665/1‑60 TTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:1177765/1‑60 TGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:3860488/1‑44 CGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACA < 1:471758/70‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGC > 1:634851/1‑70 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:3273880/50‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:583123/50‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:4945087/50‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:373474/50‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATA > 1:4153552/1‑43 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG < 1:2374730/40‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG < 1:1412698/40‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG < 1:2393508/40‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGG < 1:1327656/40‑1 TATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAC < 1:4259531/63‑1 TATATAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAAT > 1:3642925/1‑37 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAAC < 1:2589272/62‑1 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATA > 1:5061165/1‑41 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATA > 1:2421049/1‑41 TCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAA > 1:4633067/1‑70 CTAACGGCAGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTA > 1:4475780/1‑48 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAT > 1:2172119/1‑71 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAT > 1:3014368/1‑71 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:5111739/45‑1 TAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT < 1:2244327/45‑1 AACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATT > 1:3890077/1‑71 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > 1:2002362/1‑71 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAAT < 1:714496/69‑1 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAA > 1:3577944/1‑59 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAA > 1:1481512/1‑59 ACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCC > 1:2047277/1‑50 ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > Exported/436765‑436833‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACAAATGCTAAAATTT > Exported/1803907‑1803976 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |