| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,635,086 | C→T | 12.4% | D408D (GAC→GAT) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,635,086 | 0 | C | T | 12.4% | 474.4 / 39.3 | 153 | D408D (GAC→GAT) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/74); new base T (13/6); total (73/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.39e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
TCGGTTACAGCGTCAACACCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGA > Exported/1635019‑1635148 | tCGGTTACAGCGTCAACACCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGc > 1:2748444/1‑70 (MQ=255) cGGTTACAGCGTCAACACCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGcc > 1:405231/1‑70 (MQ=255) cGGTTACAGCGTCAACACCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCa > 1:1989986/1‑71 (MQ=255) cGGTTACAGCGTCAACACCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCa > 1:3328386/1‑71 (MQ=255) ggTTACAGCGTCAACACCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCAt > 1:947508/1‑71 (MQ=255) aCAGCGTCAACACCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCgtg > 1:2393393/1‑71 (MQ=255) aCAGCGTCAACACCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCgtg > 1:3890937/1‑71 (MQ=255) aCAGCGTCAACACCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCgtg > 1:1568737/1‑71 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |