| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 1,635,104 | A→G | 10.5% | E414E (GAA→GAG) | acrD → | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 1,635,104 | 0 | A | G | 10.5% | 527.2 / 38.5 | 180 | E414E (GAA→GAG) | acrD | aminoglycoside/multidrug efflux system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (58/103); new base G (13/6); total (71/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
CCTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTCGAACGTATTATGAGTGAGGAAGGACTCACTCCTCGCGAAGCCACACGTAAATCGATGGGGC > Exported/1635037‑1635171 | ccTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAAc < 1:709375/71‑1 (MQ=255) cTTAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACg < 1:4597132/71‑1 (MQ=255) ttAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACg < 1:1744812/70‑1 (MQ=255) ttAACCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGt > 1:2765145/1‑71 (MQ=255) aaCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTc > 1:3862275/1‑70 (MQ=255) aaCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTc > 1:4004151/1‑70 (MQ=255) aaCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTc > 1:4064731/1‑70 (MQ=255) aaCCATGTTCGCGATGGTGCTGGCGATCGGTCTGCTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGGTGGAAAACGTc > 1:5038318/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |