| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,749,139 | C→G | 8.5% | T404T (ACC→ACG) | secY → | preprotein translocase membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,749,139 | 0 | C | G | 8.5% | 424.6 / 23.2 | 141 | T404T (ACC→ACG) | secY | preprotein translocase membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/55); new base G (4/8); total (78/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TTACCTTTATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGT > Exported/2749069‑2749208 | ttACCTTTATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGAcc > 1:1059333/1‑71 (MQ=255) ccTTTATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTc < 1:1199163/70‑1 (MQ=255) ttATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTg > 1:4844591/1‑71 (MQ=255) tATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACt < 1:2613858/69‑1 (MQ=255) tATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACt < 1:4937699/69‑1 (MQ=255) tATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACt < 1:318387/69‑1 (MQ=255) cTGCATGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACt < 1:1355905/66‑1 (MQ=255) cTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCgt > 1:3277515/1‑71 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCAc > 1:2685803/1‑55 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg > 1:2680075/1‑70 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg < 1:3959419/70‑1 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTtgttgt > 1:2470578/1‑71 (MQ=255) tCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1511397/70‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4131207/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2935735/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:3242683/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1659390/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4420140/69‑1 (MQ=255) gCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4588896/66‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:3372880/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:623377/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:709671/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:840211/71‑1 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATc > 1:4639277/1‑47 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt > 1:3521659/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:990965/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2485480/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4707745/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:5157511/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:3750444/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTAGGTGGGACCTCACTGCt > 1:1170159/1‑41 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:15770/1‑35 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:1239595/1‑35 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:2857214/1‑35 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:4927171/1‑35 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:1331889/1‑35 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:4003480/1‑35 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:4175496/1‑35 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGc > 1:1920914/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3650084/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:1740008/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:608828/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:4630681/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:2069657/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTAATGGc > 1:4399015/1‑70 (MQ=255) gAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3858092/1‑70 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:2824878/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:1434510/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:858312/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:2763432/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:1042127/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:5117601/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:1243909/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:2089699/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:68063/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTTATTATGGACTTTATGGCTc < 1:565287/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATTGACTTTATGGCTc < 1:853024/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:4756991/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:2028481/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:5173154/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:491119/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:1023758/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:2319513/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:330823/70‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:3883139/49‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2579221/49‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:2672345/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:2179014/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:4667503/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:4515746/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:3174251/58‑1 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTAt > 1:1341593/1‑51 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:2359240/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:3108003/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:2036085/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:256070/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATg > 1:2863725/1‑61 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATg > 1:3558737/1‑61 (MQ=255) ccGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCa < 1:2954252/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:1620798/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:2649739/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:5163669/71‑1 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:3950087/2‑69 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCa > 1:4182873/2‑69 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc < 1:904888/71‑1 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc > 1:1599686/1‑71 (MQ=255) aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct > 1:3354370/1‑70 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTTATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:4761051/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:3645042/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:975475/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAACTg < 1:2228080/62‑1 (MQ=255) cGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtgatg < 1:1951655/70‑1 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:3145537/1‑71 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:1814316/1‑71 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:695637/37‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:5183365/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:2738942/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3253437/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:4866089/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3760982/71‑1 (MQ=255) | TTACCTTTATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGT > Exported/2749069‑2749208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |