| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,749,142 | A→G | 8.2% | S405S (TCA→TCG) | secY → | preprotein translocase membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,749,142 | 0 | A | G | 8.2% | 413.3 / 20.6 | 146 | S405S (TCA→TCG) | secY | preprotein translocase membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/69); new base G (4/8); total (69/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TTATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGT > Exported/2749075‑2749212 | ttATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTg > 1:4844591/1‑71 (MQ=255) tATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACt < 1:318387/69‑1 (MQ=255) tATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACt < 1:2613858/69‑1 (MQ=255) tATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACt < 1:4937699/69‑1 (MQ=255) cTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCgt > 1:3277515/1‑71 (MQ=255) tGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCgtt > 1:3186042/1‑71 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCAc > 1:2685803/1‑55 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg < 1:1052176/70‑1 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTtgttgt > 1:2470578/1‑71 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCAATGCTTATCGttgttg < 1:552806/70‑1 (MQ=255) cGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg < 1:2493194/69‑1 (MQ=255) tCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1511397/70‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1659390/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2856254/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2001491/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1333971/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1239833/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4131207/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4420140/69‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:709671/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:840211/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:3372880/71‑1 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATc > 1:4639277/1‑47 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt > 1:3521659/1‑70 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt > 1:1186307/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:3572145/1‑42 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:990965/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:4153319/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:2684845/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:4875228/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:3750444/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:289450/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTAGGTGGGACCTCACTGCt > 1:1170159/1‑41 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:2065539/1‑35 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:2857214/1‑35 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCa > 1:15770/1‑35 (MQ=255) cAATGAAAGTACCGTTCTAATTCGGTGGGACCTCa > 1:4752580/1‑35 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGc > 1:1920914/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3991493/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3650084/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:4630681/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:1740008/1‑71 (MQ=255) gAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3858092/1‑70 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:3344486/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:858312/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:68063/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:5117601/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:2763432/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:2089699/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTTATTATGGACTTTATGGCTc < 1:565287/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:3901876/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:4756991/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:613113/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:5173154/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:2597586/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:491119/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:1023758/71‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:2179014/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:2672345/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:4667503/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:4515746/58‑1 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTAt > 1:1341593/1‑51 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:2036085/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:2359240/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:3108003/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:3445066/1‑62 (MQ=255) ccGTTCTACTTCGGTGGGTCCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:3157542/56‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:2649739/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:1620798/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:5163669/71‑1 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:3950087/2‑69 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:5156547/2‑69 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:2278205/2‑69 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCa > 1:4182873/2‑69 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc < 1:904888/71‑1 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc > 1:1599686/1‑71 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTTATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:4761051/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:1390712/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:2450033/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAACTg < 1:2228080/62‑1 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:1814316/1‑71 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:695637/37‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3253437/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:853096/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:2738942/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3760982/71‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:4349559/44‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:3005357/44‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:2952470/44‑1 (MQ=255) tCACTGC‑TATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:3909292/43‑1 (MQ=39) cACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcag > 1:4618559/1‑71 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4957291/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:306375/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2566546/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:3351776/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1017749/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4089249/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:960014/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGGTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcag < 1:4401192/70‑1 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGATGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1285776/1‑35 (MQ=255) | TTATCTGCCTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGT > Exported/2749075‑2749212 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |