| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,749,148 | T→G | 6.9% | L407L (CTT→CTG) | secY → | preprotein translocase membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,749,148 | 0 | T | G | 6.9% | 427.9 / 24.9 | 160 | L407L (CTT→CTG) | secY | preprotein translocase membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/80); new base G (4/7); total (73/87) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 176 total aligned reads displayed.
CTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGT > Exported/2749083‑2749218 | cTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCgt > 1:3277515/1‑71 (MQ=255) tGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCgtt > 1:3186042/1‑71 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg < 1:1052176/70‑1 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg < 1:3959419/70‑1 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg > 1:2680075/1‑70 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTtgttgt > 1:2470578/1‑71 (MQ=255) ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCAATGCTTATCGttgttg < 1:552806/70‑1 (MQ=255) cGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg < 1:2493194/69‑1 (MQ=255) gAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGt > 1:464000/1‑71 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2935735/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4131207/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1659390/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2856254/69‑1 (MQ=255) tGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCg > 1:3667159/1‑63 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:3372880/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:623377/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:709671/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:840211/71‑1 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt > 1:1186307/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:4153319/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:990965/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4707745/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:5157511/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1573622/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGc > 1:1920914/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:4630681/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:2069657/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3991493/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:608828/1‑71 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:1243909/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:5117601/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:1434510/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:68063/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCtt > 1:3344486/1‑36 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTTATTATGGACTTTATGGCTc < 1:565287/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:4756991/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:2028481/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:5173154/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:491119/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:1023758/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:2319513/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:2597586/71‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:3883139/49‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:4515746/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:2179014/58‑1 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTAt > 1:1341593/1‑51 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:2359240/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:3445066/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATg > 1:2863725/1‑61 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATg > 1:3558737/1‑61 (MQ=255) ccGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCa < 1:2954252/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:5163669/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:4442742/71‑1 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCa > 1:4182873/2‑69 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc < 1:904888/71‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct > 1:3354370/1‑70 (MQ=255) aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct > 1:275706/1‑70 (MQ=255) aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct > 1:2665501/1‑70 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTTATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:4761051/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:1605746/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:3645042/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:2450033/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAACTg < 1:2228080/62‑1 (MQ=255) cGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtgatg < 1:1951655/70‑1 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:1814316/1‑71 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:3145537/1‑71 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:2124711/1‑71 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:4866089/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3253437/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:853096/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3760982/71‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:4349559/44‑1 (MQ=255) tCACTGC‑TATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:3903340/43‑1 (MQ=39) cACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcag > 1:4618559/1‑71 (MQ=255) cACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcag > 1:2632616/1‑71 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:855996/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4957291/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:960014/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1017749/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2566546/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4089249/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:306375/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:273341/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGGTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcag < 1:4401192/70‑1 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGATGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1285776/1‑35 (MQ=255) aCTGCCTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1651664/1‑35 (MQ=255) gCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtga > 1:3227004/1‑53 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCTGTATGa < 1:665052/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:4917811/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:3030853/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:2784193/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:147051/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:1496856/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:1699125/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:5186758/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:2711893/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:3887420/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:3913906/71‑1 (MQ=255) tATCGTTGTTGTCTTGATTATGGACTTTATGGCTCat < 1:3166591/37‑2 (MQ=39) tATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGt > 1:3575880/1‑71 (MQ=255) | CTGATCCCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGT > Exported/2749083‑2749218 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |