| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,749,157 | T→G | 7.5% | V410V (GTT→GTG) | secY → | preprotein translocase membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,749,157 | 0 | T | G | 7.5% | 421.4 / 20.0 | 156 | V410V (GTT→GTG) | secY | preprotein translocase membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/76); new base G (4/8); total (72/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 173 total aligned reads displayed.
CCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTG > Exported/2749089‑2749226 | ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg > 1:2680075/1‑70 (MQ=255)ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg < 1:3959419/70‑1 (MQ=255)ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTtgttgt > 1:2470578/1‑71 (MQ=255)ccGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCAATGCTTATCGttgttg < 1:552806/70‑1 (MQ=255) cGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGttgttg < 1:2493194/69‑1 (MQ=255) gAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGt > 1:464000/1‑71 (MQ=255) tCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1511397/70‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2001491/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2856254/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2935735/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:3242683/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4420140/69‑1 (MQ=255) tGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCg > 1:3667159/1‑63 (MQ=255) gCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4588896/66‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:840211/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:623377/71‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:3372880/71‑1 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt > 1:925416/1‑70 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt > 1:1186307/1‑70 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt > 1:3521659/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:4875228/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:4153319/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:5157511/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:289450/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4707745/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGc > 1:1920914/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3991493/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:608828/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:1740008/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTAATGGc > 1:4399015/1‑70 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTTATTATGGACTTTATGGCTc < 1:565287/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:3901876/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:5173154/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:3264451/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:1023758/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:2319513/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:2597586/71‑1 (MQ=255) gTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGt > 1:4843923/1‑71 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:3883139/49‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4625854/49‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:736380/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:3174251/58‑1 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTAt > 1:1341593/1‑51 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:2359240/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:3108003/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:3445066/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:2036085/1‑62 (MQ=255) ccGTTCTACTTCGGTGGGTCCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:3157542/56‑1 (MQ=255) ccGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCa < 1:2954252/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:1620798/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:4442742/71‑1 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:2278205/2‑69 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc > 1:1599686/1‑71 (MQ=255) cTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActc > 1:5167/1‑71 (MQ=255) aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct > 1:275706/1‑70 (MQ=255) aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct > 1:2665501/1‑70 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTTATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:4761051/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:3645042/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:2450033/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:1696585/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:975475/62‑1 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:1814316/1‑71 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:2124711/1‑71 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:695637/37‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:853096/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3760982/71‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:4349559/44‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:4944760/44‑1 (MQ=255) tCACTGC‑TATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:3903340/43‑1 (MQ=39) cACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcag > 1:2632616/1‑71 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4089249/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:273341/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1017749/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:855996/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:306375/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:3351776/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4758041/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2566546/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcagt < 1:2225115/71‑1 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGATGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1285776/1‑35 (MQ=255) aCTGCCTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1651664/1‑35 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCTGTATGa < 1:665052/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:1453090/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:4134519/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:3913906/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:2711893/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:3030853/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:5186758/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:147051/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:4917811/71‑1 (MQ=255) tATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGt > 1:3575880/1‑71 (MQ=255) tCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCt > 1:3704028/1‑71 (MQ=255) tCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCt > 1:3197322/1‑71 (MQ=255) tCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCt > 1:1125598/1‑71 (MQ=255) gttgttGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTg < 1:1154401/70‑1 (MQ=255) gttgttGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTg < 1:3336347/70‑1 (MQ=255) gttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCAt < 1:5052636/70‑1 (MQ=255) gttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCAt < 1:2067766/70‑1 (MQ=255) ttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg < 1:4122230/71‑1 (MQ=255) ttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg < 1:4661484/71‑1 (MQ=255) | CCGGAGTTCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTG > Exported/2749089‑2749226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |