| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 2,749,165 | T→C | 6.9% | I413T (ATT→ACT) ‡ | secY → | preprotein translocase membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 2,749,165 | 0 | T | C | 6.9% | 520.9 / 19.2 | 174 | I413T (ATT→ACT) ‡ | secY | preprotein translocase membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (80/82); new base C (4/8); total (84/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAGAAGGC > Exported/2749096‑2749234 | tCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1511397/70‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:2935735/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1239833/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:1333971/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:3242683/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4131207/69‑1 (MQ=255) cATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:4420140/69‑1 (MQ=255) gTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGAc < 1:709671/71‑1 (MQ=255) aTGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt > 1:1186307/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:990965/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:2684845/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGa > 1:4153319/1‑65 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4707745/1‑70 (MQ=255) gCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2485480/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGc > 1:1920914/1‑70 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:4630681/1‑71 (MQ=255) tGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTAATGGc > 1:4399015/1‑70 (MQ=255) gAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCt > 1:3858092/1‑70 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTTATTATGGACTTTATGGCTc < 1:565287/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATTGACTTTATGGCTc < 1:853024/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:2028481/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:3901876/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTc < 1:613113/70‑1 (MQ=255) aaaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:5173154/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:491119/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:3264451/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:1023758/71‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCaa < 1:2597586/71‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGAt < 1:3883139/49‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:4515746/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:4667503/58‑1 (MQ=255) tACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACtt < 1:3174251/58‑1 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATgg > 1:3445066/1‑62 (MQ=255) aCCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATg > 1:2863725/1‑61 (MQ=255) ccGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCa < 1:2954252/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:2649739/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:1620798/71‑1 (MQ=255) gTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCaaa < 1:5163669/71‑1 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:3950087/2‑69 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:2278205/2‑69 (MQ=255) cttCTACTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTGCag > 1:5156547/2‑69 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc > 1:1599686/1‑71 (MQ=255) ttCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAAc < 1:904888/71‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct > 1:3354370/1‑70 (MQ=255) aCTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAActct > 1:275706/1‑70 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:1390712/62‑1 (MQ=255) aCTTCGGTGGCACGTCGCTCCTGATCATCGTGGTGGTGACGATGGACTTCATGGCACAAGTg < 1:3645042/62‑1 (MQ=255) cGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtgatg < 1:1951655/70‑1 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:2124711/1‑71 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:1814316/1‑71 (MQ=255) gggACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTc > 1:3145537/1‑71 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:4866089/71‑1 (MQ=255) ccTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagt < 1:3760982/71‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:115012/44‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:4944760/44‑1 (MQ=255) tCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:4349559/44‑1 (MQ=255) tCACTGC‑TATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCa < 1:3909292/43‑1 (MQ=39) cACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcag > 1:4618559/1‑71 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:960014/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2566546/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:4758041/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:855996/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1017749/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:273341/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:2374483/1‑35 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCcagtcagt < 1:2225115/71‑1 (MQ=255) aCTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATATCcagtcag > 1:4118621/1‑70 (MQ=255) aCTGCCTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTa > 1:1651664/1‑35 (MQ=255) gCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtga > 1:232260/1‑53 (MQ=255) gCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtga > 1:635115/1‑53 (MQ=255) gCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCtga > 1:4063039/1‑53 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCTGTATGa < 1:665052/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:1699125/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:2784193/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:3030853/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:1453090/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:1496856/71‑1 (MQ=255) cTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGa < 1:5186758/71‑1 (MQ=255) tATCGTTGTTGTCTTGATTATGGACTTTATGGCTCat < 1:3166591/37‑2 (MQ=39) tATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGt > 1:3575880/1‑71 (MQ=255) gttgttGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTg < 1:3336347/70‑1 (MQ=255) gttgttGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTg < 1:77894/70‑1 (MQ=255) cttgttgTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTg < 1:3077480/69‑1 (MQ=255) gttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCAt < 1:5052636/70‑1 (MQ=255) gttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCAt < 1:2067766/70‑1 (MQ=255) ttgtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg < 1:4781405/71‑1 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCAtt > 1:3214572/1‑68 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTga > 1:1689285/1‑70 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg > 1:3528480/1‑69 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg > 1:4142024/1‑69 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg > 1:2476706/1‑69 (MQ=255) gtCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTg > 1:4276127/1‑69 (MQ=255) tCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag < 1:5018209/71‑1 (MQ=255) cGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag < 1:3412243/70‑1 (MQ=255) cGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag < 1:329644/70‑1 (MQ=255) cGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag < 1:3724756/70‑1 (MQ=255) gTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaagaa < 1:2669898/71‑1 (MQ=255) gTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaagaa < 1:3671225/71‑1 (MQ=255) gTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTgaag > 1:583523/1‑69 (MQ=255) aTTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAGAAGGc > 1:3460744/1‑71 (MQ=255) | TCATGCGTGATGCAATGAAAGTACCGTTCTACTTCGGTGGGACCTCACTGCTTATCGTTGTTGTCGTGATTATGGACTTTATGGCTCAAGTGCAAACTCTGATGATGTCCAGTCAGTATGAGTCTGCATTGAAGAAGGC > Exported/2749096‑2749234 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |