| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 214,925 | A→C | 89.2% | D12A (GAT→GCT) | dnaQ → | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 214,925 | 0 | A | C | 89.2% | 2965.5 / 183.9 | 895 | D12A (GAT→GCT) | dnaQ | DNA polymerase III epsilon subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (38/59); new base C (422/376); total (460/435) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 907 total aligned reads displayed.
CTGTAAAACGACAAGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGATACCGAAACCACCGGTATGAACCAGATTGGTGCGCACTATGAAGGCCACAAGATCATTGAGATTGG > Exported/214857‑214991 | aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTa > 1:3688484/1‑59 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTa > 1:432205/1‑59 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTa > 1:3439344/1‑59 (MQ=255) aaGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAaccac > 1:2805912/1‑69 (MQ=255) aGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACATGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:5034342/71‑1 (MQ=255) aGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:1000195/1‑64 (MQ=255) aGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGcaa > 1:3774484/1‑64 (MQ=255) aGTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg < 1:1465359/71‑1 (MQ=255) gTCTGACATAAATGACCGCTATGAGCACTGCAATTACACGCCAGATCGTTCTCGCTACCGCAACCACCgg > 1:5083846/1‑70 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |