| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 385,801 | G→C | 8.0% | A337A (GCG→GCC) | cstA → | carbon starvation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 385,801 | 0 | G | C | 8.0% | 223.1 / 8.2 | 75 | A337A (GCG→GCC) | cstA | carbon starvation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/35); new base C (2/4); total (35/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.77e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
GCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCTTCCATGCGCTGATCTCTTCTGGGACCACGCCGAAGATGCTGGCGAACGAAGGGCAGGCGT > Exported/385743‑385871 | gCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCgg > 1:3598951/1‑60 (MQ=255)gCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCgg > 1:2417520/1‑60 (MQ=255)gCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCgg > 1:522319/1‑60 (MQ=255)gCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCgg > 1:3939231/1‑60 (MQ=255)gCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCgg > 1:426519/1‑60 (MQ=255)gCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCt < 1:586759/69‑1 (MQ=255)gCCCGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCGGTGTCTGGCt < 1:4652632/69‑1 (MQ=255)acccGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCgg > 1:3727277/2‑60 (MQ=255) ccGGTATGGACCGGTAACCTGTTCCCGTTCCTGTTTATCACCATCGCCTGTGGCGCTGTGTCTGGCTTCCa < 1:1446556/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |