| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | Exported | 64,795 | G→T | 8.4% | G270G (GGC→GGA) | leuC ← | 3‑isopropylmalate isomerase subunit, dehydratase component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | Exported | 64,795 | 0 | G | T | 8.4% | 352.3 / 10.8 | 106 | G270G (GGC→GGA) | leuC | 3‑isopropylmalate isomerase subunit, dehydratase component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/65); new base T (3/6); total (35/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GGTGCCCCAGGTGACCTGCGGTGAAATTTCTTCTGCTTGCAGAGTGACAACGGTATCGAAAGTTGCGCCTTCGTCGGTTTGCAGGGTTTTCCAGTAGGCAACGGCGTCGTCGAAATCTTTGCCTTTCGGCG > Exported/64729‑64859 | gacccAGGTGACCTGCGGCGAAATCTCTTCTGCTTGCAGAGTGACAACGGTATCGAAAGTTGCTCCTtcgt > 1:502867/3‑71 (MQ=255) gCCCCAGGTGACCTGCGGCGAAATCTCTTCTGCTTGCAGAGTGACAACGGTATCGAAAGTTGCTCCTtcgt > 1:2615592/1‑71 (MQ=255) gCCCCAGGTGACCTGCGGCGAAATCTCTTCTGCTTGCAGACTGACAACGGTATCGAAAGTTGCTCCTtcgt > 1:3548848/1‑71 (MQ=255) gTGACCTGCGGTGAAATTTCTTCTGCTTGCAGAGTGACAACGGTATCGAAAGTTGCGCCTtcgtc < 1:931162/65‑1 (MQ=255) gTGACCTGCGGTGAAATTTCTTCTGCTTGCAGAGTGACAACGGTATCGAAAGTTGCGCCTtcgtc < 1:655546/65‑1 (MQ=255) gTGACCTGCGGTGAAATTTCTTCTGCTTGCAGAGTGACAACGGTATCGAAAGTTGCGCCTtcgtc < 1:4945908/65‑1 (MQ=255) gTGACCTGCGGTGAAATTTCTTCTGCTTGCAGAGTGACAACGGTATCGAAAGTTGCGCCTtcgtc < 1:4341698/65‑1 (MQ=255) gTGACCTGCGGTGAAATTTCTTCTGCTTGCAGAGTGACAACGGTATCGAAAGTTGCGCCTtcgtc < 1:3930795/65‑1 (MQ=255) gTGACCTGCGGTGAAATTTCTTCTGCTTGCAGAGTGACAACGGTATCGAAAGTTGCGCCTtcgtc < 1:3830347/65‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |