| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 314453 = | 42 (0.840) | 85 (1.810) +TCA |
49/96 | NT | 81.1% | coding (873/888 nt) | eaeH | attaching and effacing protein, pathogenesis factor |
| ? | AP009048 | = 3920279 | 0 (0.000) | coding (88/213 nt) | cspA | major cold shock protein | |||||
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/314521‑314453‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCC < AP009048/3920279‑3920211 ||| TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:1997407/70‑1TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:1766403/70‑1TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT > 1:3008273/1‑70 TGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC < 1:3172886/70‑1 TGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC < 1:3382961/70‑1 TGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC < 1:3775897/70‑1 GTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAG > 1:4115531/1‑71 GTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:4266624/70‑1 GTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:1180042/70‑1 TCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:1660366/71‑1 TCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:2004157/71‑1 CATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:3062334/68‑1 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGT < 1:4397347/71‑1 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGT < 1:1675326/71‑1 ATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTG < 1:576301/70‑1 TGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:2595099/66‑1 GTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTC > 1:3445468/1‑71 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTA < 1:811582/71‑1 AGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA > 1:3602837/1‑62 GTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTAC < 1:1449198/71‑1 GTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAG < 1:2802549/62‑1 TCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACA > 1:4587387/1‑71 TCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:1770745/58‑1 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACT > 1:3264688/1‑71 ACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC < 1:2878036/57‑1 CCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC < 1:2129035/56‑1 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTC > 1:3527727/1‑71 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTG < 1:73955/59‑1 CTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAG > 1:4420630/1‑57 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTC > 1:4478048/1‑71 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTA > 1:2242276/1‑63 CTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT > 1:704695/1‑56 TGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATAAGTGTTCGTACACTTCTCT > 1:238912/1‑71 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTC < 1:3754613/65‑1 CTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGAGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAG > 1:4351768/1‑51 TGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTA > 1:1040553/1‑71 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATC > 1:568842/1‑71 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTAT > 1:1615347/1‑70 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTAT < 1:313148/70‑1 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTT > 1:1017579/1‑61 AGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTG > 1:3606911/1‑50 AGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGT < 1:121437/47‑1 AGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:6762/45‑1 AGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGAT < 1:4522364/43‑1 GTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATC > 1:4504603/1‑68 GTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATC > 1:1450794/1‑68 TTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAG > 1:1964418/1‑43 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAAC > 1:2795545/1‑71 TACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCT > 1:4505594/1‑62 ACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATC > 1:4518333/1‑39 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGA < 1:2417949/71‑1 CTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCA < 1:1780729/39‑1 CACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTA < 1:2637903/46‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGG > 1:3312237/1‑71 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGAT < 1:298870/69‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGAT < 1:3043923/69‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTT < 1:510293/50‑1 ACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACA > 1:3502826/1‑47 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTA > 1:2884924/1‑44 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCG < 1:1186723/42‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCG < 1:268828/42‑1 CTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTC < 1:495649/41‑1 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAt > 1:291878/1‑60 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGT > 1:4330752/1‑70 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGT > 1:1932590/1‑70 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGT > 1:898424/1‑70 TTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACAC < 1:4070078/46‑1 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTA > 1:2530903/1‑71 TAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTA > 1:2525567/1‑71 AGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTA > 1:4352911/1‑70 GCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCA > 1:570995/1‑57 GCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAAT > 1:1152008/1‑71 GTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCT < 1:148996/71‑1 GTGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCT < 1:211221/71‑1 TGTCCACTTTTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTC < 1:768641/71‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCT < 1:2085149/70‑1 TGTCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCT < 1:3309464/41‑1 TCCACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTG < 1:3999554/71‑1 CACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGA > 1:3495748/1‑53 ACTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGAC > 1:3146868/1‑71 CTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAG < 1:2826204/46‑1 CTATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAG < 1:4292281/46‑1 TATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACG > 1:1002278/1‑70 TATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATG > 1:1297252/1‑52 TATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATG > 1:3412428/1‑52 ATTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACG > 1:1919025/1‑69 TTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGA < 1:1084655/69‑1 TTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATC < 1:1272614/60‑1 TTGCTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTG > 1:4152300/1‑35 CTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGT > 1:137035/1‑70 CTGGGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGA > 1:1843766/1‑45 GGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGA < 1:3130295/71‑1 GGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGA < 1:4045310/71‑1 GGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGA < 1:3871949/71‑1 GGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAG > 1:3845818/1‑65 GGTAAGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAA > 1:980245/1‑64 AGATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGT > 1:2310282/1‑71 GATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGT > 1:2786585/1‑70 ATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGGCAGAAAGTG < 1:3114042/70‑1 ATCAGTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGA < 1:3773930/36‑1 ||| TTGTCATGTGAGTCACCTCTGACTGAGAGTTTACTCACTTAGCCGCGTGTCCACTATTGCTGGGTAAGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/314521‑314453‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GTGTTCGTACACTTCTCTGCTATCCAGAACGATGGTTACAAATCTCTGGACGAAGGTCAGAAAGTGTCC < AP009048/3920279‑3920211 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |