| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,506,673 | A→G | 5.2% | I58I (ATT→ATC) | metL ← | fused aspartokinase II and homoserine dehydrogenase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,506,673 | 0 | A | G | 5.2% | 217.8 / 3.4 | 77 | I58I (ATT→ATC) | metL | fused aspartokinase II and homoserine dehydrogenase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/37); new base G (2/2); total (38/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
ATAGCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGCCA > AP009048/3506604‑3506743 | aTAGCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTaa > 1:203204/1‑71 (MQ=255)aTAGCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTaa > 1:793243/1‑71 (MQ=255)aTAGCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTaa > 1:3014047/1‑71 (MQ=255)aTAGCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTa < 1:108289/70‑1 (MQ=255) gCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATc < 1:3310470/70‑1 (MQ=255) cGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa < 1:4042623/71‑1 (MQ=255) cGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa < 1:739164/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAATTTCAACCAGTTAATCAACt > 1:155920/1‑71 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACcggcggc > 1:2094070/1‑71 (MQ=255) agagaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa < 1:4345098/40‑1 (MQ=255) agagaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTa > 1:3156610/1‑56 (MQ=255) gagaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa > 1:2366863/1‑39 (MQ=255) gagaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAacca > 1:4214700/1‑71 (MQ=255) agaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCaa > 1:2720866/1‑38 (MQ=255) agaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAac > 1:1747887/1‑68 (MQ=255) gaCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGaa < 1:3194989/65‑1 (MQ=255) aCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTGATTAACTgg < 1:2859157/40‑1 (MQ=37) aCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCa < 1:3317708/35‑1 (MQ=255) aCGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAAccacca < 1:4153342/71‑1 (MQ=255) cGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACcat < 1:3037423/71‑1 (MQ=255) 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1:1245643/71‑1 (MQ=255) tCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCg < 1:2455506/71‑1 (MQ=255) cTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAgtgg > 1:1899900/1‑38 (MQ=255) tGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGaaa > 1:4065146/1‑55 (MQ=255) gCTTAGTTTCAACCAGTTAATGAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAg > 1:1403815/1‑71 (MQ=255) ttAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAg > 1:174237/1‑69 (MQ=255) gTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCata < 1:3737091/59‑1 (MQ=255) tttCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGt < 1:4439208/62‑1 (MQ=255) tttCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTgag < 1:11142/71‑1 (MQ=255) tCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAAccacca > 1:2394682/1‑51 (MQ=255) tCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGagag > 1:4513424/1‑71 (MQ=255) tCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGagag > 1:2739365/1‑71 (MQ=255) cAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCata < 1:980514/55‑1 (MQ=255) aaCCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGagag < 1:1895320/69‑1 (MQ=255) aCCAGTTGATTAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACcatca < 1:2365642/51‑1 (MQ=38) cAGTTGATTAACTGGTTAGTGGTGCTACcggcggcg > 1:4413998/1‑36 (MQ=25) ttAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAac > 1:4324245/1‑38 (MQ=255) ttAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGc > 1:1673286/1‑71 (MQ=255) tAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGt > 1:163812/1‑51 (MQ=255) aaTCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGCCa > 1:2717755/1‑71 (MQ=255) aaTCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGCCa > 1:957909/1‑71 (MQ=255) | ATAGCGACGCAGCGTTTGTTGAACCTGATGCGCAGAGAGACGATCGGTCTGGCTTAGTTTCAACCAGTTAATCAACTGGTTAGTGGTGCTACCGGCGGCGGAAACCACCATCATATCGTCAGGCTGAGAGTACTCCGCCA > AP009048/3506604‑3506743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |