| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,687 | A→G | 100% | pseudogene (372/582 nt) pseudogene (1435/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,687 | 0 | A | G | 100.0% | 307.7 / NA | 87 | pseudogene (372/582 nt) pseudogene (1435/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base G (40/47); total (40/47) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACC > AP009048/3684621‑3684754 | tttACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt > 1:4193472/1‑69 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTaa < 1:924678/67‑1 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTaa < 1:665268/67‑1 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg > 1:4026442/3‑71 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg > 1:3343056/3‑71 (MQ=255) tacGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAg < 1:3675903/68‑1 (MQ=255) acGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAggg > 1:581386/2‑71 (MQ=255) cGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggt < 1:3522861/71‑1 (MQ=255) gggTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtg > 1:1993422/1‑71 (MQ=255) gTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGggtgg > 1:965055/1‑70 (MQ=255) tGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt < 1:3201601/61‑1 (MQ=255) gATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGttt > 1:3573329/1‑71 (MQ=255) aTGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTaa < 1:2989061/61‑1 (MQ=255) aTGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTc > 1:3851436/1‑71 (MQ=255) aTGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTc > 1:1102836/1‑71 (MQ=255) tgtgTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTc > 1:1612047/1‑70 (MQ=255) gtgtTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGATATCGGGGTTATCGGTTAGggtg < 1:375412/64‑1 (MQ=255) gtgtTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCg > 1:4204173/1‑70 (MQ=255) tgtTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTaa > 1:3602181/1‑58 (MQ=255) gtTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCta > 1:3765255/1‑70 (MQ=255) ttGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAAAATGAGAAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCta > 1:3788330/1‑69 (MQ=255) tGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtata > 1:4492214/1‑71 (MQ=255) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt < 1:1595826/52‑1 (MQ=39) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAgg < 1:4489389/56‑1 (MQ=255) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtata < 1:2918081/70‑1 (MQ=255) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtata < 1:2410026/70‑1 (MQ=255) cagggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGt > 1:3462242/4‑71 (MQ=255) agggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGttt > 1:2088331/3‑59 (MQ=255) ggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc > 1:2571062/1‑71 (MQ=255) ggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc < 1:744339/71‑1 (MQ=255) aTGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:421191/1‑71 (MQ=255) tGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgg < 1:4090690/71‑2 (MQ=255) tGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgg < 1:307541/71‑2 (MQ=255) tGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:3168957/1‑70 (MQ=255) ccGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAg > 1:2516305/1‑44 (MQ=255) ccGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc > 1:2608345/1‑65 (MQ=255) ccGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgga < 1:2470084/70‑3 (MQ=255) ccGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa < 1:3361220/71‑1 (MQ=255) gAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaa > 1:1659292/1‑70 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa < 1:3476477/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:2759036/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:4346842/71‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa < 1:2769571/71‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa < 1:3125467/71‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAggg < 1:4596423/40‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa < 1:1929771/68‑1 (MQ=255) cTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtg > 1:1995070/1‑71 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAggg < 1:1545897/36‑1 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtat < 1:961155/48‑3 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc < 1:3000095/56‑1 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt < 1:1342498/57‑1 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa > 1:3805259/1‑61 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc > 1:2180314/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCg < 1:775442/42‑1 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctg > 1:2431920/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc < 1:2325420/69‑1 (MQ=255) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCta < 1:1642303/43‑2 (MQ=39) tAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCta < 1:3551871/43‑2 (MQ=39) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGc > 1:3184082/1‑40 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa < 1:4110467/56‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACATTTGCTGCCa > 1:182588/1‑71 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGGGGTTTCGCTATATc > 1:1010810/1‑46 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa < 1:1909768/70‑1 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:3785246/1‑71 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:2973759/1‑71 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGc < 1:3647969/37‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:2189035/55‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTg < 1:3644102/71‑1 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgg > 1:906035/1‑47 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:32382/71‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt < 1:2643075/57‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg > 1:2055131/1‑70 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGa < 1:1008042/71‑1 (MQ=255) aaaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc < 1:4073872/71‑1 (MQ=255) aaTCGGGGTTATAGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc > 1:1162679/1‑70 (MQ=255) aTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTTCCATTGTCGAACCa < 1:2407477/71‑1 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaa < 1:1958922/45‑1 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCAt > 1:2379354/1‑71 (MQ=255) ggggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa > 1:475466/1‑57 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:3825579/71‑1 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:4040706/71‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:2133540/42‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:3100464/42‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTa < 1:2949515/70‑1 (MQ=255) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAg > 1:3078564/1‑42 (MQ=37) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAAcc > 1:4110342/1‑71 (MQ=255) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAAc > 1:2422280/1‑70 (MQ=255) | TTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACC > AP009048/3684621‑3684754 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |