| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,705 | G→A | 100% | pseudogene (354/582 nt) pseudogene (1417/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,705 | 0 | G | A | 100.0% | 240.2 / NA | 79 | pseudogene (354/582 nt) pseudogene (1417/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base A (34/45); total (34/45) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGA > AP009048/3684637‑3684772 | tGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtata > 1:4492214/1‑71 (MQ=255) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtata < 1:2410026/70‑1 (MQ=255) ggCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCtata < 1:2918081/70‑1 (MQ=255) cagggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGt > 1:3462242/4‑71 (MQ=255) ggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc < 1:744339/71‑1 (MQ=255) ggATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc > 1:2571062/1‑71 (MQ=255) aTGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:421191/1‑71 (MQ=255) tGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgg < 1:4090690/71‑2 (MQ=255) tGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgg < 1:307541/71‑2 (MQ=255) tGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTg > 1:3168957/1‑70 (MQ=255) ccGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTc > 1:2608345/1‑65 (MQ=255) ccGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgga < 1:2470084/70‑3 (MQ=255) ccGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa < 1:3361220/71‑1 (MQ=255) gAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaa > 1:1659292/1‑70 (MQ=255) aaGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa < 1:3476477/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:4346842/71‑1 (MQ=255) aGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:2759036/71‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa < 1:3125467/71‑1 (MQ=255) ggCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACa < 1:2769571/71‑1 (MQ=255) gcgcTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaaa < 1:1929771/68‑1 (MQ=255) cTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtg > 1:1995070/1‑71 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTcc < 1:3000095/56‑1 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCt < 1:1342498/57‑1 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa > 1:3805259/1‑61 (MQ=255) tGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc > 1:2180314/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgctg > 1:2431920/1‑71 (MQ=255) gCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTtgc < 1:2325420/69‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaa < 1:4110467/56‑1 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACATTTGCTGCCa > 1:182588/1‑71 (MQ=255) aaCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGGGGTTTCGCTATATc > 1:1010810/1‑46 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa < 1:1909768/70‑1 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:3785246/1‑71 (MQ=255) aCATGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCAt > 1:2973759/1‑71 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaaa < 1:2189035/55‑1 (MQ=255) aTGAGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTg < 1:3644102/71‑1 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTgg > 1:906035/1‑47 (MQ=255) aGGAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:32382/71‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGtt < 1:2643075/57‑1 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg > 1:2055131/1‑70 (MQ=255) ggAAATCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGa < 1:1008042/71‑1 (MQ=255) aaaTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc < 1:4073872/71‑1 (MQ=255) aaTCGGGGTTATAGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAAc > 1:1162679/1‑70 (MQ=255) aTCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTTCCATTGTCGAACCa < 1:2407477/71‑1 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGgaaa < 1:1958922/45‑1 (MQ=255) tCGGGGTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCAt > 1:2379354/1‑71 (MQ=255) ggggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCa > 1:475466/1‑57 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:4040706/71‑1 (MQ=255) ggTTATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCt < 1:3825579/71‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:2133540/42‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc < 1:3100464/42‑1 (MQ=255) ttATCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTa < 1:2949515/70‑1 (MQ=255) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAg > 1:3078564/1‑42 (MQ=37) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAAcc > 1:4110342/1‑71 (MQ=255) aTCGGTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAAc > 1:2422280/1‑70 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:4418650/70‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:1263346/69‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGt < 1:130364/69‑1 (MQ=255) ggTAAGGGTGG‑TTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCg < 1:4401921/52‑1 (MQ=37) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAAc > 1:3700624/1‑36 (MQ=38) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGaa > 1:2016151/1‑55 (MQ=255) gTAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTg > 1:1674555/1‑71 (MQ=255) tAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAg < 1:2074812/37‑1 (MQ=38) tAAGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTgg < 1:2444957/71‑1 (MQ=255) aaGGGTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGt > 1:883183/1‑71 (MQ=255) gggTGGTTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTa < 1:4438184/60‑1 (MQ=255) gtggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc > 1:910935/1‑71 (MQ=255) tggtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc > 1:4265559/1‑70 (MQ=255) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAACCAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGtt < 1:816572/65‑1 (MQ=255) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGa < 1:2943751/70‑1 (MQ=255) gtTTCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAg < 1:2304951/71‑1 (MQ=255) tttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc < 1:2855850/67‑1 (MQ=255) ttCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:4181730/1‑70 (MQ=255) tagCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCa > 1:1290813/3‑46 (MQ=38) tCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGtt > 1:3059127/1‑62 (MQ=255) tCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGt > 1:2403063/1‑61 (MQ=255) tCGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGt > 1:3815742/1‑69 (MQ=255) cGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATc < 1:315591/64‑1 (MQ=255) cGCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTaa < 1:3849460/70‑1 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGtt < 1:4610294/56‑1 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAg < 1:562172/66‑1 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGa < 1:807844/71‑1 (MQ=255) gCTATATCGTTCCTGGAAAAACAGTTGCTGCAATTGTCGAACCATCCCTAACCg > 1:2458472/1‑54 (MQ=38) | TGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGTAAGGGTGGTTTCGCTGTATCGTTCCTGAAAAAACAGTTGCTGCCATTGTCGAACCATCCCTAACCGTTGGTTATCGAGTAAGA > AP009048/3684637‑3684772 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |