| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,707,034 | G→A | 14.5% | A483T (GCC→ACC) | yieN → | fused predicted transcriptional regulators |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,707,034 | 0 | G | A | 14.5% | 166.1 / 17.5 | 62 | A483T (GCC→ACC) | yieN | fused predicted transcriptional regulators |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/23); new base A (6/3); total (36/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
CAACACGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAATGT > AP009048/3706965‑3707103 | caaCACGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAagc > 1:2067460/1‑71 (MQ=255) aaCACGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAag > 1:3323029/1‑69 (MQ=255) cacGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAagccag > 1:1306414/1‑71 (MQ=255) acGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAagccagc < 1:805502/71‑1 (MQ=255) gCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAagccagc > 1:2166705/1‑69 (MQ=255) tATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTa > 1:4180224/1‑68 (MQ=255) ttCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAg > 1:2789210/1‑69 (MQ=255) cAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATg > 1:1047177/1‑71 (MQ=255) cAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATg > 1:3064267/1‑71 (MQ=255) aGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGt < 1:3509598/71‑1 (MQ=255) aGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGt < 1:2502345/71‑1 (MQ=255) cGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAag > 1:1579631/1‑53 (MQ=255) aaCAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGt > 1:227255/1‑71 (MQ=255) aCAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACa > 1:2605789/1‑60 (MQ=255) aCAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTAc > 1:2504363/1‑59 (MQ=255) aaaaaTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAagccag > 1:709374/1‑49 (MQ=255) aaaaTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGa < 1:133999/71‑1 (MQ=255) aaTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGAtt > 1:3610898/1‑71 (MQ=255) aaTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGAtt > 1:3605451/1‑71 (MQ=255) aaTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGAtt > 1:912627/1‑71 (MQ=255) aTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAag > 1:1205797/1‑41 (MQ=255) aTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTc > 1:3447593/1‑71 (MQ=255) aTGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTc > 1:1265378/1‑71 (MQ=255) gTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGt > 1:4490917/1‑55 (MQ=255) tCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGcc < 1:3642575/71‑1 (MQ=255) tCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGcc < 1:1612541/71‑1 (MQ=255) tCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGcc < 1:3166191/71‑1 (MQ=255) cTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTc < 1:2786645/54‑1 (MQ=255) cTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGc > 1:3468302/1‑69 (MQ=255) cTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGc > 1:2005662/1‑69 (MQ=255) tGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGAt < 1:4308547/64‑1 (MQ=255) tGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTg < 1:1649991/57‑1 (MQ=255) tCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGcaca < 1:105044/70‑1 (MQ=255) cTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCAcaacaa > 1:1444277/1‑71 (MQ=255) tGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTg < 1:2474197/47‑1 (MQ=255) tGGCGACTCGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTAGAgg < 1:4183065/38‑1 (MQ=37) ggCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATg > 1:2927809/1‑71 (MQ=255) ggCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATg > 1:449879/1‑71 (MQ=255) ggCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATg > 1:3931852/1‑71 (MQ=255) gCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAAt < 1:1285256/69‑1 (MQ=255) cGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCt < 1:3199012/71‑1 (MQ=255) gACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATg < 1:3329765/68‑1 (MQ=255) cTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAAc < 1:1206485/71‑1 (MQ=255) tGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGcac < 1:1722925/58‑1 (MQ=255) tGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCacaa > 1:4105809/1‑60 (MQ=255) gTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATg > 1:2693402/1‑63 (MQ=255) gTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGc < 1:4234065/70‑1 (MQ=255) ttAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTc > 1:4571219/1‑46 (MQ=255) ttAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACg < 1:4170457/68‑1 (MQ=255) tAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGcac > 1:653203/1‑39 (MQ=255) tAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGcac > 1:1049926/1‑54 (MQ=255) tAGGTCGCATTGAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTg > 1:3783727/1‑70 (MQ=255) aGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGca > 1:4265509/1‑37 (MQ=255) aGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTgg < 1:3303508/70‑1 (MQ=255) aGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTgg < 1:2411312/70‑1 (MQ=255) aGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGa > 1:4340022/1‑71 (MQ=255) ggTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGa < 1:1400126/70‑1 (MQ=255) cGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACg > 1:2150/1‑71 (MQ=255) gCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCt > 1:1490706/1‑63 (MQ=255) gCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGc > 1:4610662/1‑71 (MQ=255) aTTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACg < 1:1674584/59‑1 (MQ=255) aTTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCtt < 1:1565856/71‑1 (MQ=255) ttGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTa < 1:1161854/71‑1 (MQ=255) tGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTaa > 1:2972801/1‑71 (MQ=255) gAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCacaa > 1:804659/1‑45 (MQ=255) gAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAAt > 1:2095762/1‑71 (MQ=255) gAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAAt > 1:2970871/1‑71 (MQ=255) gAAGCAAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTaa > 1:3690548/1‑70 (MQ=255) gAAACCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAAt > 1:739070/1‑71 (MQ=255) aaGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAAt < 1:2804877/70‑1 (MQ=255) agccagccTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAg > 1:3442838/1‑37 (MQ=255) agccagccTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAAtgt < 1:1094275/71‑1 (MQ=255) gccagccTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCacaa > 1:845808/1‑42 (MQ=255) | CAACACGCTTTATTCAGCGAACAGCAAAAATGTCTGTTTATCCCTGGCGACTGGTTAGGTCGCATTGAAGCCAGCCTACAGGATGTCGGTGCACAGATTCGCCAGGCACAACAATGCTAACGCTGGATACGCTTAATGT > AP009048/3706965‑3707103 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |