| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 4,184,955 | A→T | 13.3% | intergenic (‑117/‑63) | gspC ← / → gspA | general secretory pathway component, cryptic/general secretory pathway component, cryptic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 4,184,955 | 0 | A | T | 13.3% | 73.2 / 5.4 | 30 | intergenic (‑117/‑63) | gspC/gspA | general secretory pathway component, cryptic/general secretory pathway component, cryptic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/7); new base T (2/2); total (21/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
AGTATAAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTC > AP009048/4184886‑4185022 | aGTATAAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATttaat > 1:1199994/1‑71 (MQ=255) taAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATttaattaa > 1:2329641/1‑70 (MQ=255) aTAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTaataaa < 1:3398684/71‑1 (MQ=255) gTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAatac < 1:2633150/71‑1 (MQ=255) tATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAataca > 1:4091943/1‑71 (MQ=255) ttAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAatacata > 1:1793023/1‑71 (MQ=255) aaTGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAAtacataca > 1:1670629/1‑71 (MQ=255) ccGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACatta < 1:2137125/70‑1 (MQ=255) gCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATttaat < 1:396130/50‑1 (MQ=255) gCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTAt > 1:4319544/1‑71 (MQ=255) cATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTaataaa > 1:2660919/1‑52 (MQ=255) gAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGAt > 1:3587268/1‑70 (MQ=255) tCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTATTAattaaat < 1:527160/47‑1 (MQ=25) aGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTATTAattaaata > 1:2297241/1‑45 (MQ=25) gCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGAt > 1:3136412/1‑70 (MQ=255) gCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATa < 1:3086029/71‑1 (MQ=255) cAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTaa > 1:3621646/1‑65 (MQ=255) aaaaTTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAAt > 1:1870346/1‑71 (MQ=255) atttatttATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACatta > 1:936779/1‑48 (MQ=255) atatTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTaa < 1:2798926/70‑1 (MQ=255) atatTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTaa < 1:2199600/70‑1 (MQ=255) atTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTaaaa > 1:4598199/1‑70 (MQ=255) atatGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGAtt > 1:3699529/1‑42 (MQ=255) tGTATTTATTAATTAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCa < 1:633298/50‑1 (MQ=25) gTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAAt > 1:3655728/1‑47 (MQ=255) gTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAAt > 1:4380678/1‑47 (MQ=255) tATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaa > 1:1031711/1‑49 (MQ=255) tATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAAtt < 1:760573/54‑1 (MQ=255) tATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTAt > 1:377693/1‑71 (MQ=255) aTTTATTAATTAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATg > 1:2680662/1‑71 (MQ=39) aTTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGaa > 1:3716372/1‑63 (MQ=255) tttAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTc > 1:3938012/1‑66 (MQ=255) tttAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGt > 1:1596417/1‑71 (MQ=255) taattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTc > 1:2969614/1‑70 (MQ=255) aattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCaat < 1:3299254/45‑1 (MQ=255) aattaatAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCt < 1:3892066/64‑1 (MQ=255) | AGTATAAATAGTATTAATGCCGCTTGCATGAATCAAGCAAAATTTATTTATATTAGTAATATGTATTTAATTAATAAATACATACATTATTTTTATGATTAAGGATAATCAATAATTAAAACAGGAAGTTCTATGTC > AP009048/4184886‑4185022 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |