| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,303,631 | C→T | 100% | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0% | 196.9 / NA | 65 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (37/28); total (37/28) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAT > AP009048/1303568‑1303695 | aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:267217/1‑71 (MQ=255) acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc > 1:3016121/1‑71 (MQ=255) acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc > 1:2027347/1‑71 (MQ=255) gaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:286724/71‑1 (MQ=255) acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:1680898/1‑71 (MQ=255) acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt < 1:2333385/71‑1 (MQ=255) gaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:148863/70‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:281804/1‑71 (MQ=255) tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:4518718/67‑1 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCTAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:2095544/1‑71 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa < 1:3391765/59‑1 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:3030878/66‑1 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt > 1:104152/1‑71 (MQ=255) tCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:2857968/1‑71 (MQ=255) cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:3505350/1‑71 (MQ=255) ttGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:67333/1‑69 (MQ=255) tGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:95693/57‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:3856587/1‑71 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:2065140/1‑71 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc > 1:923491/1‑71 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc < 1:1841296/70‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt < 1:703471/71‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt < 1:1860911/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:2668707/71‑1 (MQ=255) cGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:3913152/71‑1 (MQ=255) cGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:1985816/71‑1 (MQ=255) gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg > 1:860012/1‑69 (MQ=255) gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa < 1:1920564/71‑1 (MQ=255) aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:1671935/53‑1 (MQ=255) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:1718314/1‑45 (MQ=38) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 1:988434/55‑1 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc > 1:565869/1‑71 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa > 1:1069999/1‑62 (MQ=255) ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:428125/71‑1 (MQ=255) ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACATATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc > 1:3803156/1‑67 (MQ=255) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt < 1:3361755/55‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa < 1:2073170/48‑1 (MQ=39) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:4420637/1‑70 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:1686993/1‑60 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc > 1:1928374/1‑70 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:339541/1‑35 (MQ=37) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:3909872/1‑57 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa > 1:2676618/1‑68 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa > 1:2038400/1‑68 (MQ=255) aacaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:669851/36‑1 (MQ=37) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt > 1:382108/1‑37 (MQ=37) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc < 1:403092/36‑1 (MQ=37) cgcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt > 1:198735/1‑44 (MQ=38) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt > 1:3279192/1‑36 (MQ=37) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATAGCTTc > 1:2670812/1‑44 (MQ=37) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg < 1:1846318/54‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:929626/1‑70 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:4420616/71‑1 (MQ=255) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTa < 1:1874817/71‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt > 1:2502684/1‑54 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:2926871/71‑1 (MQ=255) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgt > 1:4575722/1‑71 (MQ=255) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgt > 1:1451853/1‑71 (MQ=255) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg < 1:2240326/71‑1 (MQ=255) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg < 1:695263/71‑1 (MQ=255) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg > 1:2164572/1‑71 (MQ=255) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtggtg > 1:4389396/1‑70 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAg > 1:2035849/1‑37 (MQ=37) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAg > 1:352221/1‑37 (MQ=37) ttaACTATGTATCCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt < 1:832251/70‑1 (MQ=255) | AACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAT > AP009048/1303568‑1303695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |