| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 3690776 = | NA (NA) | 4 (0.070) | 4/100 | NT | NA | noncoding (2202/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA |
| ? | AP009048 | 3690795 = | NA (NA) | noncoding (2183/2904 nt) | rrlC | 23S ribosomal RNA | |||||
TGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/3690846‑3690776‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTCCACACTTCAAAGCCTCCCACCTATCCT > AP009048/3690795‑3690864 TGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:111898/1‑71TGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:4005635/1‑71TGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:3544429/1‑71TGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:4103674/1‑71TGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:4501930/1‑71TGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:593981/1‑71 GAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT > 1:2038578/1‑71 GAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT < 1:2070675/71‑1 GAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT < 1:3448169/71‑1 AAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT > 1:3934623/1‑70 AAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT < 1:2148906/70‑1 AAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT > 1:2261826/1‑70 AAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT > 1:2267767/1‑70 AAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT < 1:4254610/70‑1 AAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT < 1:645797/70‑1 AAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGAAGTTCTAACGTT < 1:2313278/70‑1 GTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:4181459/1‑55 TCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT < 1:3606934/54‑1 GCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT < 1:1648278/52‑1 GCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT < 1:608915/52‑1 ATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT < 1:3802198/49‑1 ATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT < 1:1751239/49‑1 ACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT < 1:123814/41‑1 CTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTT > 1:352407/1‑39 TGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:4881336/1‑36 TGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:951426/1‑36 GAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT > 1:2854081/1‑35 CCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGTTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTCCA > 1:1205472/1‑71 AATGTTTGATGTTCTAACGTTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGT > 1:1284516/1‑62 TGTTTGATGTTCTAACGTTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTC > 1:4880123/1‑61 GATGTTCTAACGTTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTCCA < 1:1107901/58‑1 TTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTCCACACTTCAAAGCCTCCCACCTATCCT < 1:2181061/71‑1 TTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTCCACACTTCAAAGCCTCCCACCTATCCT < 1:1192822/71‑1 TTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTCCACACTTCAAAGCCTCCCACCTATCCT < 1:953712/71‑1 TTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTCCACACTTC < 1:4264800/52‑1 TTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTC < 1:4133898/44‑1 TTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTG < 1:2690218/39‑1 TGAAGTGTGGACGCCAGTCTGCATGGAGCCGACCTTGAAATACCACCCTTTAATGTTTGATGTTCTAACGT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/3690846‑3690776‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tTAAAGGGTGGTATTTCAAGGTCGGCTCCATGCAGACTGGCGTCCACACTTCAAAGCCTCCCACCTATCCT > AP009048/3690795‑3690864 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |