| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 70,434 | C→T | 35.3% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 70,434 | 0 | C | T | 35.3% | 96.8 / 82.9 | 85 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (23/32); new base T (9/21); total (32/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGC > AP009048/70366‑70504 | aaTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAAc < 1:2310256/69‑1 (MQ=255) ggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtg < 1:4262801/71‑1 (MQ=255) ggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCt < 1:2452130/70‑1 (MQ=255) gTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt < 1:3075099/65‑1 (MQ=255) gTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggtg > 1:920046/1‑71 (MQ=255) aTGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggt < 1:2552214/68‑1 (MQ=255) gAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCAt > 1:1331004/1‑61 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg < 1:4272018/71‑1 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCgg > 1:177605/1‑70 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGt > 1:4087869/1‑71 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:2661369/71‑1 (MQ=255) aGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:1052708/71‑1 (MQ=255) gTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGttt > 1:4214091/1‑70 (MQ=255) gTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTa < 1:1547293/71‑1 (MQ=255) tGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAAc < 1:4032806/70‑1 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGc < 1:2526985/59‑1 (MQ=255) gCTGAAGCGCAAAATGATCCACTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc > 1:299206/1‑71 (MQ=255) tGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCa > 1:1592002/1‑48 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt > 1:4849420/1‑71 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt > 1:143213/1‑71 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAt < 1:3178533/70‑1 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAt > 1:808161/1‑70 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCAGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:2244133/71‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt > 1:821225/1‑70 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:3178962/71‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTTGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:1825813/71‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:4929717/71‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:4688932/71‑1 (MQ=255) aGCGCAAAATGATCCCATGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:3719451/71‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc < 1:383691/69‑1 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:4077908/1‑71 (MQ=255) tgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCggg < 1:289747/37‑1 (MQ=255) gcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAAc < 1:1751843/58‑1 (MQ=255) ccGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttt < 1:4407652/71‑1 (MQ=255) cGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttt < 1:1082893/71‑1 (MQ=255) cGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt > 1:433872/1‑62 (MQ=255) cGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttt < 1:4740767/71‑1 (MQ=255) gggATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtt > 1:3910522/1‑68 (MQ=255) gATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttttt < 1:4670926/71‑1 (MQ=255) gATACTCGATTAATGCCCATCTGGGGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttttt < 1:4082710/71‑1 (MQ=255) cTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:3876599/70‑1 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcg < 1:3924949/71‑1 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:742901/70‑1 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:1526741/70‑1 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa < 1:1939034/39‑1 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc < 1:3620652/71‑1 (MQ=255) gTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga < 1:1711198/69‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAAc < 1:764957/45‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttt < 1:3353390/59‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc > 1:4668368/1‑70 (MQ=255) tttAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa > 1:4361711/1‑38 (MQ=255) tttAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGcc < 1:1125930/42‑1 (MQ=255) tttAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc < 1:559036/66‑1 (MQ=255) ttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:5066175/1‑55 (MQ=255) ttAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccga > 1:4135433/1‑71 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTAt < 1:1282557/63‑1 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:865388/1‑71 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTa > 1:2699844/1‑48 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCg > 1:2786567/1‑53 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:3475282/1‑54 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtt > 1:2566997/1‑56 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:3111618/1‑71 (MQ=255) aCGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGt < 1:1699335/44‑1 (MQ=255) aCGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc < 1:450021/66‑1 (MQ=255) cGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGc > 1:235309/1‑71 (MQ=255) | AATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACCGC > AP009048/70366‑70504 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |