| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,303,631 | C→T | 100% | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0% | 240.1 / NA | 80 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (42/38); total (42/38) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > AP009048/1303567‑1303696 | aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:3531735/1‑71 (MQ=255)aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:1358643/1‑71 (MQ=255)aaaCGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:4736784/1‑71 (MQ=255) aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:911017/1‑71 (MQ=255) acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc > 1:3841529/1‑71 (MQ=255) aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGCCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:4212648/1‑71 (MQ=255) aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:746370/71‑1 (MQ=255) aacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:2897009/71‑1 (MQ=255) acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:106854/70‑1 (MQ=255) cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:710831/71‑1 (MQ=255) aaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc < 1:4416929/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:2837482/1‑70 (MQ=255) tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 1:506691/71‑1 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:2671732/1‑71 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa < 1:4551487/70‑1 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt < 1:4127405/71‑1 (MQ=255) cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:4440859/1‑71 (MQ=255) cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:2545109/1‑71 (MQ=255) tGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt > 1:480068/1‑66 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa > 1:2619998/1‑52 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:3978479/68‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:3580917/68‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTc < 1:2750868/70‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:1516625/71‑1 (MQ=255) aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:1570096/1‑71 (MQ=255) aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:1442961/1‑71 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:3282053/71‑1 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:3370830/71‑1 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:1800916/71‑1 (MQ=255) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:2854458/1‑54 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:5152123/71‑1 (MQ=255) gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt < 1:4705808/54‑1 (MQ=255) gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg < 1:2502526/71‑1 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:5013201/1‑55 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:4328701/1‑55 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:2188567/1‑39 (MQ=37) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa < 1:2130690/61‑1 (MQ=255) cTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg < 1:13242/68‑1 (MQ=255) tACTGGAACAACGCGATAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa < 1:2040934/68‑1 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:1269421/1‑41 (MQ=38) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:1718101/1‑59 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:4041241/1‑63 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:2103239/1‑63 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt > 1:696622/1‑68 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc < 1:1080446/70‑1 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc > 1:2070975/1‑70 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:4791990/1‑57 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa > 1:353735/1‑56 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa > 1:4808664/1‑71 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:3126484/1‑38 (MQ=37) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:2690611/1‑41 (MQ=38) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:2696686/1‑41 (MQ=38) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:4717572/48‑1 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:619834/48‑1 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:456959/1‑48 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc < 1:4578577/71‑1 (MQ=255) acaacGCGAAAAGCGTTATTAACTATGTAACGTATTTGCCTATTGCTTCTGTAGt < 1:3149813/55‑1 (MQ=255) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa < 1:1649359/61‑1 (MQ=255) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:4313402/71‑1 (MQ=255) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:1647148/71‑1 (MQ=255) caacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt > 1:487493/1‑47 (MQ=39) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTa < 1:2006206/71‑1 (MQ=255) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:1325926/59‑1 (MQ=255) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:3062832/44‑1 (MQ=38) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAcc < 1:1542462/62‑1 (MQ=255) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAc > 1:1371352/1‑59 (MQ=255) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgt > 1:4818733/1‑71 (MQ=255) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTa > 1:1319104/1‑68 (MQ=255) aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg < 1:1752719/70‑1 (MQ=255) aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg < 1:2847401/70‑1 (MQ=255) ccGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa > 1:537951/1‑40 (MQ=38) ccGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtggt < 1:2844704/71‑1 (MQ=255) ccGATATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa > 1:2681799/1‑40 (MQ=37) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:2950071/1‑40 (MQ=38) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:2948733/1‑40 (MQ=38) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAACGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaa < 1:4484541/71‑1 (MQ=255) tattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaa > 1:4806969/1‑70 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:3260428/1‑71 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:5040622/1‑71 (MQ=255) ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:1457020/71‑1 (MQ=255) | AAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > AP009048/1303567‑1303696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |