| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,684,624 | C→A | 100% | pseudogene (435/582 nt) pseudogene (1498/1645 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,684,624 | 0 | C | A | 100.0% | 227.3 / NA | 76 | pseudogene (435/582 nt) pseudogene (1498/1645 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3741:b3768; acetolactate synthase II, large subunit, C‑ter fragment ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base A (33/43); total (33/43) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AGACATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGT > AP009048/3684557‑3684689 | agaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACgg < 1:1189714/71‑1 (MQ=255) gaCATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACggg < 1:2354285/71‑1 (MQ=255) aCATGAAGGAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGt < 1:920665/71‑1 (MQ=255) aTGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGa < 1:4259043/71‑1 (MQ=255) tGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACTGGTGAt < 1:671207/71‑1 (MQ=255) aGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgtg < 1:3507937/71‑1 (MQ=255) aGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtgtg < 1:5165013/71‑1 (MQ=255) gTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtg < 1:2106536/64‑1 (MQ=255) gTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTgg > 1:399862/1‑70 (MQ=255) tATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGcc < 1:4839182/71‑1 (MQ=255) aTGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc > 1:2177050/1‑69 (MQ=255) aTGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc > 1:4691307/1‑69 (MQ=255) aTGGCCAATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGc > 1:2215158/1‑69 (MQ=255) tGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCag > 1:1732144/1‑70 (MQ=255) gCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:1858388/62‑1 (MQ=255) gCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATgtgt < 1:1515511/62‑1 (MQ=255) gCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCagg < 1:182365/70‑3 (MQ=255) cATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATg > 1:3099583/1‑71 (MQ=255) aTCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGc > 1:2328305/1‑71 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACg > 1:2237878/1‑45 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAtg > 1:2066142/1‑52 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCg < 1:4658705/70‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:1883795/71‑1 (MQ=255) aCTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:3299740/71‑1 (MQ=255) tGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAg > 1:1833698/1‑71 (MQ=255) gTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCagg < 1:3832961/60‑3 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa < 1:2154090/67‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAg < 1:1764485/69‑1 (MQ=255) ttCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgc > 1:2592186/1‑71 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGc < 1:347510/62‑1 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGc < 1:1116656/62‑1 (MQ=255) cAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcg < 1:4004335/70‑1 (MQ=255) aGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACTGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcgc < 1:3591970/70‑1 (MQ=255) aGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcgc < 1:657179/70‑1 (MQ=255) aGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcgc < 1:923948/70‑1 (MQ=255) aGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGgcgc < 1:4066438/70‑1 (MQ=255) cATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTgg > 1:5123017/1‑71 (MQ=255) tGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGAt > 1:292197/1‑40 (MQ=255) tGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc < 1:980254/58‑1 (MQ=255) gtgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTa < 1:2792776/70‑1 (MQ=255) tgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAggg < 1:3262950/50‑1 (MQ=255) tgtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAggg < 1:1979443/50‑1 (MQ=255) gtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGa > 1:5099123/1‑50 (MQ=255) gtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGa > 1:4559772/1‑56 (MQ=255) gtCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACa > 1:2158710/1‑71 (MQ=255) tCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACa < 1:1057527/70‑1 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGcc < 1:2099235/51‑1 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACAt > 1:1079959/1‑69 (MQ=255) gAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa < 1:4708252/71‑1 (MQ=255) aGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCa < 1:2803851/42‑1 (MQ=255) gTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGa > 1:2590449/1‑45 (MQ=255) gTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTaa < 1:1124486/64‑1 (MQ=255) gCCGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGa > 1:3751212/1‑70 (MQ=255) ccGCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaaa > 1:1121574/1‑71 (MQ=255) gCTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATc > 1:2766156/1‑71 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa < 1:4965546/63‑1 (MQ=255) cTTCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCg > 1:4698713/1‑71 (MQ=255) tCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCggg > 1:117065/1‑71 (MQ=255) tCAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCggg > 1:904180/1‑71 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa < 1:4290874/60‑1 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGaaa > 1:2207063/1‑65 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgggg > 1:3835310/1‑71 (MQ=255) cAACCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCgg < 1:1959790/69‑1 (MQ=255) aaCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATAGGGGt > 1:1344651/1‑71 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAg > 1:1804985/1‑42 (MQ=255) aCCTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGt > 1:4057112/1‑70 (MQ=255) ccTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAg > 1:3335948/1‑41 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGa > 1:4190002/1‑56 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt < 1:574058/71‑1 (MQ=255) cTGGTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTAt > 1:4215796/1‑71 (MQ=255) gTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTa < 1:2892502/47‑1 (MQ=255) gTCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATcg < 1:3173875/70‑2 (MQ=255) tCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATg < 1:3187533/51‑1 (MQ=39) tCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATcgg < 1:2701113/70‑3 (MQ=255) tCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATcgg > 1:869517/1‑68 (MQ=255) tCTTTACGGGTGATGTGTTGGCCAGGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCGGt < 1:5189142/71‑1 (MQ=255) | AGACATGAAGCAGGTATGGCCCATCACTGTTCAGCATGGTGTCGAGTGCCGCTTCAACCTGGTCTTTCCGGGTGATGTGTTGGCCATGGATGCCGAAGGCGCTGGCTAACATGAGGAAATCGGGGTTATCAGT > AP009048/3684557‑3684689 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |