| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,685,143:2 | +T | 87.7% | pseudogene (979/1645 nt) pseudogene (979/984 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,685,143 | 2 | . | T | 87.7% | 141.5 / 19.8 | 57 | pseudogene (979/1645 nt) pseudogene (979/984 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/3); new base T (15/35); total (19/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.06e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
GTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTG‑‑ATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACATGT > AP009048/3685074‑3685204 | gTCACGGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑a < 1:4098037/71‑1 (MQ=255) tCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑At < 1:590963/71‑1 (MQ=255) tCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑At < 1:4307184/71‑1 (MQ=255) aCCGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGAAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Atat > 1:3528603/1‑69 (MQ=255) ccGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Atatt > 1:4629584/1‑68 (MQ=255) ccGGGATGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Atat > 1:861477/1‑68 (MQ=255) tGGTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Ata > 1:2690255/1‑62 (MQ=39) ggTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGgc > 1:1447516/1‑71 (MQ=255) gTCGTAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGgct < 1:2456632/71‑1 (MQ=255) tAACGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGAGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTG‑‑Ata < 1:1934731/57‑2 (MQ=38) aaCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGgctg < 1:3386181/67‑1 (MQ=255) aCGCCAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGt < 1:395708/70‑1 (MQ=255) ccAGGCATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATg < 1:422227/71‑1 (MQ=255) gcaTGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTgg > 1:2062554/3‑71 (MQ=255) tGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa < 1:5062635/71‑1 (MQ=255) tGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa < 1:5068903/71‑1 (MQ=255) tGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa < 1:3076621/71‑1 (MQ=255) tGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTa > 1:4713719/1‑70 (MQ=255) gTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa > 1:3990535/1‑70 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTaa > 1:4295971/1‑69 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACa < 1:3181086/71‑1 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACa < 1:5115895/71‑1 (MQ=255) ttCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACa < 1:3744673/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCa < 1:4914430/70‑1 (MQ=255) aCGCAGCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCAt > 1:1990330/1‑71 (MQ=255) gCTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTaaa < 1:4112291/71‑1 (MQ=255) cTGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAAt > 1:4897992/1‑71 (MQ=255) tGCGCGCAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACagag < 1:312061/61‑1 (MQ=255) gcgcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACa > 1:411718/1‑57 (MQ=255) cgcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGc < 1:1890699/60‑1 (MQ=255) cgcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATc < 1:856271/69‑1 (MQ=255) gcgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAcc < 1:4978386/71‑1 (MQ=255) cgcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCt < 1:516220/71‑1 (MQ=255) gcAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGt < 1:4752804/40‑1 (MQ=25) cAGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCtt < 1:2892640/70‑1 (MQ=255) aGTGTAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGt < 1:1334976/71‑1 (MQ=255) gtgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTaaa < 1:3468827/61‑1 (MQ=255) gtgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGt < 1:3062051/70‑1 (MQ=255) gtgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTa < 1:4669798/71‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTaa < 1:3011910/71‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTaa < 1:4007899/71‑1 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTaa > 1:2630126/1‑71 (MQ=255) tgtAGCTGCCAGTCATAGATATTTAACGGCTGCTGTAATg < 1:1488857/40‑1 (MQ=16) gcagctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAAt < 1:4104175/68‑1 (MQ=255) tagctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACa > 1:5130234/3‑47 (MQ=255) tagctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAAt < 1:1600606/68‑1 (MQ=255) tagctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAAt < 1:301063/68‑1 (MQ=255) tagctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAAt < 1:4071573/68‑1 (MQ=255) tagctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATg < 1:1629258/69‑1 (MQ=255) gctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGc < 1:3463388/70‑1 (MQ=255) ctgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCca < 1:1356131/71‑1 (MQ=255) tgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATc > 1:5188992/1‑56 (MQ=255) tgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATc > 1:2528168/1‑56 (MQ=255) tgcCAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCca > 1:1153148/1‑70 (MQ=255) ccAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACAt < 1:5228247/71‑1 (MQ=255) ccAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACAt < 1:818585/71‑1 (MQ=255) cAGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCAc > 1:409789/1‑55 (MQ=255) aGTCATTGATATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACAtgt > 1:166320/1‑71 (MQ=255) | GTCACCGGGATGGTCGTAACGCCAGGAATGTTCATCACGCAGCTGCGCGCAGTGTTGCTGCCAGTCATTG‑‑ATTTAACGGCTGCTGTAATGCTGGTAACAGAGCATTTAAATCACCTTGTAATGCCACATGT > AP009048/3685074‑3685204 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |