| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 225281 | NA (NA) | 3 (0.060) | 3/92 | NT | NA | noncoding (1511/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA |
| ? | AP009048 | = 225293 | NA (NA) | noncoding (1523/1542 nt) | rrsH | 16S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/225208‑225281‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccgCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCC < AP009048/225293‑225224 GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:3036662/71‑1GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:2176068/1‑71GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:568942/1‑71GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:4918790/1‑71GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:1514699/1‑71GGTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA < 1:4771519/70‑1 GTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC > 1:2473175/1‑71 GTAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC < 1:2112861/71‑1 TAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC > 1:748676/1‑71 TAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC < 1:2146371/71‑1 TAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC < 1:5038068/71‑1 TAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC < 1:5046154/71‑1 TAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC < 1:5220538/71‑1 TAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC > 1:2470305/1‑70 TAGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA < 1:4091810/68‑1 AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:2886780/1‑71 AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:4816832/1‑71 AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:2154220/1‑71 AGCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:264943/1‑71 tCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:1825523/2‑70 GCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG > 1:2685744/1‑70 GCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:677285/70‑1 GCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:1097810/70‑1 GCTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:4635664/70‑1 CTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:3207707/69‑1 CTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:626790/69‑1 CTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC < 1:3697118/68‑1 CTTAACCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC < 1:2363164/68‑1 CCTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:5140435/61‑1 CTTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA < 1:3735356/60‑1 TTCGGGAGGGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA < 1:1444072/58‑1 GGCGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:2928590/54‑1 CGCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCC > 1:5084585/1‑62 GCTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:4933420/51‑1 CTTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:256603/50‑1 TTACCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTA < 1:1538272/45‑1 CCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACTAGGTA < 1:424485/42‑1 CCACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:952216/1‑43 CACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:3301075/45‑1 CACTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:5257357/45‑1 CTTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC > 1:2002173/1‑41 TTTGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAAC < 1:4899028/40‑1 TGTGATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAA > 1:1762208/1‑37 GATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:1018621/37‑1 GATTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:6250/37‑1 TTCATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCG < 1:4373250/35‑1 ATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACCGCAGGTTCCCCTACGG < 1:426727/47‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGCCTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:689962/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:785236/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:2561907/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:3727094/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:752355/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:4906601/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC < 1:5250170/71‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:697492/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:3263056/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:4637664/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:4483348/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:135295/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCC > 1:552714/1‑71 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGC < 1:4889758/70‑1 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGC > 1:1513043/1‑68 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATC > 1:1377977/1‑54 AACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAA < 1:810564/52‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC < 1:329316/71‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC < 1:5080695/71‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:4668727/1‑71 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:798712/1‑71 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC < 1:3167570/71‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:3662526/1‑71 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:3884474/1‑71 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGC > 1:713117/1‑69 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTG < 1:1056944/61‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTT > 1:5160298/1‑36 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACT < 1:3251008/35‑1 ACCGCAGGTTCCCCTACGGTTACATTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCC > 1:806688/1‑71 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCAGAAAGTGGTAAGCGCCCT < 1:2360959/71‑1 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCT < 1:200607/71‑1 CCGCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCT > 1:3405460/1‑71 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AP009048/225208‑225281‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aaccgCAGGTTCCCCTACGGTTACCTTGTTACGACTTCACCCCAGTCATGAATCACAAAGTGGTAAGCGCCCTCC < AP009048/225293‑225224 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |