| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | 226398 = | NA (NA) | 6 (0.120) | 6/90 | NT | NA | noncoding (640/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA |
| ? | AP009048 | 226415 = | NA (NA) | noncoding (657/2904 nt) | rrlH | 23S ribosomal RNA | |||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
TACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < AP009048/226473‑226398‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gttaagTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACTGG > AP009048/226415‑226484 TACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAG > 1:4952661/1‑71 ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:3444999/1‑71 ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:5237354/1‑71 ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:3267754/1‑71 ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAG < 1:3960346/70‑1 ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAG < 1:1749876/70‑1 ACCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCAAGT > 1:3268764/1‑71 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:5255244/71‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:5154172/71‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:4212118/71‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:4261128/71‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT < 1:2522343/70‑1 CCCAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:2623218/1‑70 CAACCTTCATCCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGGTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:1597031/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATTGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:1043607/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTTCAACTTAACGCCCAGT < 1:1793774/68‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:257714/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:1991593/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:1510436/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:5018549/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:93922/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:2336477/71‑1 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:2828751/1‑69 CAACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:402038/1‑69 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:4811350/70‑1 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:1982551/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:4492729/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:321735/1‑68 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:3423582/1‑67 AACCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:1043907/1‑67 CCTTCAACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA > 1:3569394/1‑68 AACCTGCCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAG < 1:3939274/59‑1 CCCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAG < 1:2997460/53‑1 CCATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:2411105/56‑1 CATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:2308173/53‑1 ATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT < 1:3639330/52‑1 ATGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTT > 1:3370432/1‑52 TGGCTAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT < 1:4230102/50‑1 TAGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAG < 1:4644723/45‑1 AGATCACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:3237785/1‑45 CACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTA > 1:890087/1‑43 CACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTA > 1:3207570/1‑43 CACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGT > 1:5369577/1‑41 CACCGGGTTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAG > 1:4504861/1‑40 TTTCGGGTCTATACCCTGCAACTTACCGCCCAGTT < 1:669376/35‑1 TTCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA > 1:297528/1‑36 TCGGGTCTATACCCTGCAACTTAACGCCCAGTTAA < 1:917679/35‑1 TGCAACTTAACGCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTT < 1:4561407/69‑1 GCAACTTAACGCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCAT < 1:2753309/59‑1 ACTTAACGCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACC < 1:3211723/41‑1 CTTAACGCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGA > 1:4222707/1‑46 TTAACGCCCAGTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTG > 1:2307535/1‑71 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTA < 1:3373132/71‑1 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACT > 1:1828206/1‑70 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGG > 1:581809/1‑58 GTTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCAT < 1:4596030/44‑1 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAA > 1:124643/1‑71 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAA < 1:4763646/71‑1 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTG < 1:4628222/53‑1 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGC < 1:4911791/40‑1 TTAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGC < 1:4905885/40‑1 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAAC > 1:1138073/1‑71 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAAC > 1:105683/1‑71 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAAC > 1:3597798/1‑71 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAAC > 1:2078975/1‑71 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAA > 1:4593269/1‑70 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGT > 1:5014969/1‑62 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGT < 1:1108009/57‑1 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTT > 1:1763213/1‑51 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGC > 1:3264860/1‑39 TAAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTCATCTAGCCA > 1:4655689/1‑41 TAAGTTGAAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAAC > 1:594505/1‑71 AAGTTGCATGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCAT > 1:3180879/1‑41 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACT > 1:1844980/1‑71 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACT > 1:3730273/1‑71 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACT > 1:374965/1‑71 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACT > 1:203000/1‑71 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGTAACACTAACT > 1:913358/1‑71 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTGGGT < 1:3721437/61‑1 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTT‑GGTAACACTAACTG > 1:3371040/1‑71 AAGTTGCAGGGTATAGACCCGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAA > 1:1396973/1‑53 AAGTTGCAGGGTATAGACACGAAACCCGGTGATCTAGCCATGGGCAGGTTGAAGGTTG > 1:4058484/1‑58 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |