| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | AP009048 | = 2018583 | 3 (0.050) | 47 (0.840) | 33/98 | NT | 94.2% | coding (579/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | AP009048 | = 2521059 | NA (NA) | intergenic (+170/+30) | insL/yfeA | predicted transposase/predicted diguanylate cyclase | |||||
TGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/2018513‑2018583‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGCC < AP009048/2521059‑2520991 TGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCAC > 1:1459739/1‑70 CAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCA > 1:4010198/1‑70 AACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATA < 1:92400/71‑1 AACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCAT < 1:397677/70‑1 ACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCAT > 1:3314500/1‑69 CGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAG < 1:2339704/71‑1 CGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAA > 1:5341977/1‑70 GGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCT > 1:3428896/1‑70 GATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAA > 1:4604935/1‑71 GATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAA > 1:270937/1‑71 ATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTA < 1:2243797/71‑1 ATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTT < 1:1025401/70‑1 ATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCAGGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTA < 1:1597610/71‑1 TATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAA < 1:3359424/71‑1 TATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAA < 1:1896731/71‑1 TGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAG < 1:805211/70‑1 CTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGT < 1:5116999/71‑1 CGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTT > 1:306291/1‑70 GGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTG < 1:263912/70‑1 GGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTT < 1:4054774/69‑1 GCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACC < 1:2850591/71‑1 GCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACC < 1:2795199/71‑1 TACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTCAAGG > 1:1364990/1‑61 ACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCAT < 1:5292159/44‑1 CCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATGCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCAT < 1:2694524/69‑1 CCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCAT < 1:864731/69‑1 AAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTG > 1:1326409/1‑68 GTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAA > 1:1857869/1‑71 TTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCAT < 1:5287909/62‑1 TTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCAT < 1:516091/62‑1 TGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGC > 1:864247/1‑71 TGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGC > 1:4287100/1‑71 TGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGC > 1:5164397/1‑71 TGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGC > 1:3663730/1‑71 GCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCA < 1:5310604/58‑1 CATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGA > 1:1266383/1‑71 GGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGC > 1:2734380/1‑71 GGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGT > 1:2425790/1‑47 GCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGA > 1:845831/1‑67 CTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAAT < 1:5135988/62‑1 GCGCTTGGTGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTATGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGG < 1:2798577/71‑1 GCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCG < 1:3055027/70‑1 GCGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGA > 1:613317/1‑63 CGCTTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGT < 1:3404906/71‑1 TTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCC > 1:1662244/1‑71 TTGCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGC > 1:739590/1‑70 GCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTC > 1:3252238/1‑71 GCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATC < 1:3709225/45‑1 GCGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATC < 1:5300162/45‑1 CGGGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCG < 1:2205859/71‑1 GGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTT < 1:2205430/71‑1 GGGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGT < 1:4676979/70‑1 GGCGATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTA < 1:1977298/71‑1 ATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGAC > 1:4665165/1‑71 ATCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGAC > 1:1680847/1‑71 TCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGAC > 1:4116949/1‑70 TCCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCAT > 1:406309/1‑35 CCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGA > 1:1107857/1‑71 CCCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCT > 1:4412833/1‑52 CCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGA < 1:5284733/70‑1 CCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTT > 1:708156/1‑63 CCACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCG < 1:144000/61‑1 CACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGT > 1:1565285/1‑61 ACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGACCCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTG < 1:357185/54‑1 ACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGC > 1:5129700/1‑71 ACCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGT < 1:4756729/53‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGCC > 1:602842/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGCC > 1:3016484/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGCC > 1:1741168/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGCC > 1:2227088/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGCC > 1:2001110/1‑71 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGC < 1:2765413/70‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGC < 1:275924/70‑1 CCATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGAC > 1:3863546/1‑65 CATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTC < 1:2720070/48‑1 TGCAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > AP009048/2018513‑2018583‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ccATAAGCGCTAACTTAAGGGTTGAACCATCTGAAGAATGCGACGCCTCGGTGCCTCGTTAAGACGATGCC < AP009048/2521059‑2520991 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |