| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 1,303,631 | C→T | 100% | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0% | 246.1 / NA | 82 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (39/43); total (39/43) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > AP009048/1303566‑1303696 | tAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:3725458/71‑1 (MQ=255)tAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTa < 1:3698395/71‑1 (MQ=255) aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:1446333/1‑71 (MQ=255) aacgaacgAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAc > 1:4882407/1‑71 (MQ=255) acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc > 1:4235488/1‑71 (MQ=255) acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:3831414/1‑71 (MQ=255) acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:4786599/1‑71 (MQ=255) cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:2358272/71‑1 (MQ=255) gaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTg > 1:778135/1‑71 (MQ=255) aaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc < 1:2062934/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2821222/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc > 1:1828222/1‑71 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2134416/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:402481/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 1:3857514/71‑1 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:2242644/1‑71 (MQ=255) tCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:2727104/1‑71 (MQ=255) tCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:205916/1‑71 (MQ=255) cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:1852238/1‑64 (MQ=255) cTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:3766045/1‑71 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCt < 1:5256587/69‑1 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:2642271/1‑56 (MQ=255) aaCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:3126978/1‑71 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt > 1:489344/1‑64 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:203021/1‑70 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:4311221/1‑70 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:4385107/1‑70 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:2197548/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:2332635/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:5142019/71‑1 (MQ=255) gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:2451768/1‑68 (MQ=255) gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt > 1:1250730/1‑68 (MQ=255) gCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:2930703/70‑1 (MQ=255) aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:4665251/56‑1 (MQ=255) aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:1386866/71‑1 (MQ=255) aGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:1392941/71‑1 (MQ=255) aGCCCGACCTACTGGAACAACGAGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:2860742/71‑1 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt > 1:277888/1‑70 (MQ=255) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa < 1:5354969/71‑1 (MQ=255) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:3451165/1‑71 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:177269/71‑1 (MQ=255) gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg < 1:1768947/71‑1 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa > 1:2485438/1‑71 (MQ=255) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa < 1:69466/71‑1 (MQ=255) ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCtt > 1:5104467/1‑57 (MQ=255) ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:985423/71‑1 (MQ=255) ccTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGAt < 1:1277910/71‑1 (MQ=255) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa < 1:2537573/37‑1 (MQ=37) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTaa < 1:1737783/37‑1 (MQ=37) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2272121/47‑1 (MQ=39) tACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:290246/1‑71 (MQ=255) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:3229007/1‑70 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:3116914/71‑1 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:546512/71‑1 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:2241238/71‑1 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt < 1:3410569/47‑1 (MQ=39) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:1605093/56‑1 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa > 1:219406/1‑71 (MQ=255) ggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAAc > 1:2049020/1‑71 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:2403906/1‑38 (MQ=37) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:2102461/71‑1 (MQ=255) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:3092586/71‑1 (MQ=255) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:2821761/38‑1 (MQ=37) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc < 1:3427799/44‑1 (MQ=38) aacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa < 1:3212723/55‑1 (MQ=255) cgcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTAcc > 1:2600161/1‑71 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:966696/1‑59 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:3042467/1‑71 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:2301593/1‑39 (MQ=37) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAg > 1:4256024/1‑48 (MQ=39) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:1658418/71‑1 (MQ=255) cgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGt < 1:1136250/71‑1 (MQ=255) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:318485/1‑69 (MQ=255) gAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCg > 1:551386/1‑69 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:2767841/71‑1 (MQ=255) aaaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:927765/71‑1 (MQ=255) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgt > 1:61411/1‑71 (MQ=255) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg < 1:5052524/65‑1 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:3172265/1‑71 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAAt > 1:5310901/1‑71 (MQ=255) ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:219700/71‑1 (MQ=255) ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:3311404/71‑1 (MQ=255) | TAAACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > AP009048/1303566‑1303696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |