| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | AP009048 | 3,685,267 | C→T | 100% | pseudogene (855/1645 nt) pseudogene (855/984 nt) |
ilvG ← ilvG ← |
ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | AP009048 | 3,685,267 | 0 | C | T | 100.0% | 267.7 / NA | 89 | pseudogene (855/1645 nt) pseudogene (855/984 nt) | ilvG ilvG | ECK3760:JW3740+JW3741:b4488; large subunit of acetolactate synthase II ECK3760:JW3740:b3767; acetolactate synthase II, large subunit, N‑ter fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (43/46); total (43/46) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CATGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGCGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCGCCCACGGCGATCAGCAGGTCAC > AP009048/3685200‑3685334 | caTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGgtgc > 1:1696900/1‑70 (MQ=255) aTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg > 1:1854917/1‑70 (MQ=255) aTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGa < 1:111506/71‑1 (MQ=255) aTGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGa < 1:775719/71‑1 (MQ=255) tgtgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg > 1:2853102/1‑69 (MQ=255) tgtgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGaa < 1:590916/71‑1 (MQ=255) tgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAgg > 1:1129928/1‑71 (MQ=255) tgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAgg < 1:364419/71‑1 (MQ=255) tgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAg < 1:2775997/70‑1 (MQ=255) tgCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAg < 1:4615509/70‑1 (MQ=255) gCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgt > 1:1819391/1‑71 (MQ=255) ccTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg > 1:2331132/1‑71 (MQ=255) cGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAg > 1:5349523/1‑71 (MQ=255) cGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAg < 1:4797344/71‑1 (MQ=255) gCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAgg < 1:3030931/63‑1 (MQ=255) gCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGt > 1:2762439/1‑71 (MQ=255) aGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGttt < 1:5059086/71‑1 (MQ=255) gCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTg > 1:1187168/1‑71 (MQ=255) gCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTg < 1:3635875/71‑1 (MQ=255) cTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGc > 1:3690431/1‑71 (MQ=255) ttGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg < 1:123986/54‑1 (MQ=255) gTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGcc < 1:3084467/69‑1 (MQ=255) gTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCgg > 1:903787/1‑71 (MQ=255) gTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCgg > 1:3325294/1‑71 (MQ=255) gTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg < 1:4212656/70‑1 (MQ=255) ttCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGc < 1:842234/67‑1 (MQ=255) ttCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGt > 1:3812263/1‑71 (MQ=255) tCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg < 1:3375244/50‑1 (MQ=255) tCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGtgcg < 1:3122049/50‑1 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAc > 1:420937/1‑71 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAc > 1:475581/1‑71 (MQ=255) aTTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAc < 1:976495/71‑1 (MQ=255) tttCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTg < 1:956242/62‑1 (MQ=255) tCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGcc > 1:4787572/1‑62 (MQ=255) cTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGt > 1:186973/1‑56 (MQ=255) cTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCgg > 1:238126/1‑71 (MQ=255) cctggTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtca < 1:2338314/68‑1 (MQ=255) ccGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtca < 1:1461979/71‑1 (MQ=255) ccGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtc < 1:1838560/70‑1 (MQ=255) ccGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTAAGTTTGCCGGTCACCCGGtca < 1:1745697/71‑1 (MQ=255) tCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAg < 1:1156750/39‑1 (MQ=255) tCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:3668831/71‑1 (MQ=255) tCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:2088555/71‑1 (MQ=255) cGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaaa > 1:758988/1‑71 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGgtg < 1:1531580/40‑1 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAAc < 1:2298464/71‑1 (MQ=255) gATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAAc < 1:1858014/71‑1 (MQ=255) atatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaa < 1:3071995/68‑1 (MQ=255) tatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTg < 1:1061718/47‑1 (MQ=255) tatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCg > 1:1809232/1‑50 (MQ=255) tatCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACgg < 1:1632109/71‑2 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGt > 1:3748172/1‑70 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTg > 1:2185051/1‑71 (MQ=255) atCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTg > 1:391536/1‑71 (MQ=255) tCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTg < 1:2953091/70‑1 (MQ=255) cATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGt > 1:5181118/1‑56 (MQ=255) cATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGt > 1:3150483/1‑56 (MQ=255) cATATGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTgcac > 1:1380358/1‑69 (MQ=255) atatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGc < 1:791364/43‑1 (MQ=255) tatGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaa < 1:4473663/60‑1 (MQ=255) atGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGcc > 1:3808670/1‑42 (MQ=255) atGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa > 1:5124625/1‑71 (MQ=255) atGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCa > 1:21752/1‑71 (MQ=255) tGGATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCAc < 1:1437810/71‑1 (MQ=255) ggATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACg > 1:3608900/1‑61 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtcat < 1:4888677/53‑1 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaa < 1:451521/56‑1 (MQ=255) gATAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAAc < 1:5233466/59‑1 (MQ=255) aTAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCaaaa > 1:1636940/1‑57 (MQ=255) tAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGt > 1:301209/1‑59 (MQ=255) tAACACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCg < 1:4394876/71‑1 (MQ=255) aaCACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGa > 1:4887859/1‑71 (MQ=255) aaCACTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGACGGTCACCCGGtca < 1:443374/49‑1 (MQ=255) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt < 1:3593664/71‑1 (MQ=255) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt < 1:3107815/71‑1 (MQ=255) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt > 1:3971412/1‑71 (MQ=255) acacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTCTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGa < 1:864265/70‑1 (MQ=255) cacTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCAc > 1:4512031/1‑40 (MQ=255) acTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGt > 1:4916855/1‑36 (MQ=255) acTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGAt > 1:868972/1‑69 (MQ=255) cTGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATca > 1:3264594/1‑70 (MQ=255) tGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGtc > 1:3871555/1‑43 (MQ=255) tGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTgca > 1:2439248/1‑55 (MQ=255) tGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcag > 1:3307868/1‑70 (MQ=255) tGGCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcag > 1:1112109/1‑70 (MQ=255) ggCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc > 1:4229592/1‑70 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc < 1:3596526/69‑1 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc > 1:1414831/1‑69 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc < 1:5220803/69‑1 (MQ=255) gCGTGTGGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc < 1:314836/69‑1 (MQ=255) gCGTGTGATGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATcagc < 1:4408162/69‑1 (MQ=38) tgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGTcgc < 1:4682490/71‑3 (MQ=38) tgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGTcg < 1:1184269/70‑2 (MQ=38) tgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGTcg > 1:2258929/1‑69 (MQ=38) tgGTGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCACCCACGGCGATCAGCAAGTcg > 1:1820095/1‑69 (MQ=38) | CATGTGCCTGACGCAGCTTGTTCATTTCTGCCGGGTCGATATCCATATGGATAACACTGGCGTGTGGCGCGAAGGTGTTCAGTTTGCCGGTCACCCGGTCATCAAAACGTGCGCCCACGGCGATCAGCAGGTCAC > AP009048/3685200‑3685334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |