| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 183661 | 121 (1.080) | 15 (0.140) | 11/258 | 11.9 | 12.0% | intergenic (+41/+48) | cdaR/yaeH | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator; autoregulator/UPF0325 family protein |
| ? | NC_000913_3_pae_pgi | = 183674 | 107 (1.030) | intergenic (+54/+35) | cdaR/yaeH | carbohydrate diacid regulon transcriptional regulator; autoregulator/UPF0325 family protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/183503‑183661‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cattcccctcTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATACGATTAA < NC_000913_3_pae_pgi/183674‑183526 cCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGAGCTGGCTC < 4:171825/149‑1TCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTC > 2:378280/1‑150 TAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATT < 1:219068/150‑1 TAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATT > 1:650959/1‑150 gACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCC < 3:592249/149‑1 TACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCC > 1:38316/1‑150 CCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTC > 3:589077/1‑150 CCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTC > 2:172062/1‑150 TTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCC > 2:893747/1‑133 TTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCC < 1:893747/133‑1 ATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCGCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGG > 4:152823/1‑150 GTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCGCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGA < 3:152823/150‑1 TATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAA < 1:610051/150‑1 ATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGA < 4:589077/150‑1 ATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGA < 2:650959/150‑1 TCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCGCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAG > 2:698448/1‑150 CGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCGCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGC < 1:698448/150‑1 AACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGA > 4:667237/1‑145 AACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGA < 3:667237/145‑1 CCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGC < 1:793531/150‑1 ATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATT < 1:799009/100‑1 ATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATT > 2:799009/1‑100 CTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCT > 2:656251/1‑90 CTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCT < 1:656251/90‑1 GCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTC > 4:90469/1‑63 GCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTC < 3:90469/63‑1 GTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCT > 2:33628/1‑41 GTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCT < 1:33628/41‑1 TGGCGCATTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGCGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCGATCGCTCATCATGTAGCGGTTACGCCACATTCGGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTC > 3:654637/1‑150 TTCCCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATA < 1:302183/150‑1 TTCCCCTCTACCCGTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATA < 2:1189135/150‑1 TCCCCTCTCCCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATAC < 3:411335/150‑1 CCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATACGA < 3:278903/150‑1 CCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATACGA < 3:20533/150‑1 CCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGAT < 2:726776/144‑1 CCCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGAT > 1:726776/1‑144 CCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATACGAT > 4:768905/1‑150 CCTCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATACGAT > 1:63272/1‑150 TCTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAG > 4:361281/1‑92 CTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATACGATTAA < 4:421195/150‑1 TCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTGGATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913_3_pae_pgi/183503‑183661‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cattcccctcTACCCTTCGGGCTGAGGGGAATGAGCCAGCGCCGCCTCAACCTTAACGCATAACCTACCGCTCTTCATCCAGTTGTAACGCCACATACAGCAGCAACCTGTCATCAAAATTGCCCAAATCAAGCCCGGTCAGTTCCGATATACGATTAA < NC_000913_3_pae_pgi/183674‑183526 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |