| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,211 | T→G | E273D (GAA→GAC) | rpoA ← | RNA polymerase, alpha subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913_3_pae_pgi | 3,440,211 | 0 | T | G | 99.2% | 462.2 / ‑4.6 | 131 | E273D (GAA→GAC) | rpoA | RNA polymerase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base G (64/66); total (65/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
TGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAG > NC_000913_3_pae_pgi/3440064‑3440356 | tGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGTGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTc < 2:913883/150‑1 (MQ=255)tGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTc < 2:1036322/150‑1 (MQ=255) ggCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCt < 3:129346/150‑1 (MQ=255) cAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCt > 3:677532/1‑150 (MQ=255) tttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTaa < 1:544065/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAg > 1:1596370/1‑150 (MQ=255) ttCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTCAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAg < 2:1565260/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGCAGGCCCCGAGACAGTCCACCGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAGCCGCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGc < 2:1247724/150‑1 (MQ=255) cAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATATCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCa > 1:1010127/1‑150 (MQ=255) aGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAg > 1:1022367/1‑150 (MQ=255) aGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAg > 1:1273406/1‑150 (MQ=255) cgcATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTa < 4:376546/150‑1 (MQ=255) gCCCAGAGACAGTCCACGGGACGCCAGAACGTCTTAAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCACGGTTAGGCGATTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGCTCACAAATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCaga < 2:737621/150‑1 (MQ=255) gCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCaga > 3:596784/1‑150 (MQ=255) cccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCagag < 2:897478/150‑1 (MQ=255) ccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGc > 3:993926/1‑150 (MQ=255) ccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGc > 4:930802/1‑150 (MQ=255) ccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGc < 1:532114/150‑1 (MQ=255) ccAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATATTTTACCATGGTTTGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGc > 2:1030511/1‑150 (MQ=255) aCAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAg < 3:505466/150‑1 (MQ=255) aGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTc < 3:253569/150‑1 (MQ=255) aCGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCACATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTc < 3:768335/150‑1 (MQ=255) aCGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGATTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTc > 1:1310504/1‑150 (MQ=255) gggAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCa > 2:332144/1‑150 (MQ=255) gggAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCa < 1:1328090/150‑1 (MQ=255) gggAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCa < 1:291370/150‑1 (MQ=255) gCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGa < 1:469228/147‑1 (MQ=255) gCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGa > 2:469228/1‑147 (MQ=255) cAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACa < 4:296301/133‑1 (MQ=255) cAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACa > 3:296301/1‑133 (MQ=255) cAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTc < 2:1230553/150‑1 (MQ=255) aGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTTTTTTTTTTTTGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCTGTACGCTGTACCAGATCAACTATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGCCAGTTATCAGAGCGGACAGACAATTCTAGAttttct > 4:258077/1‑145 (MQ=255) aGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTATCATGTTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTCCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCTTCa > 2:104123/1‑150 (MQ=255) gCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCa < 4:291478/122‑1 (MQ=255) aCGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACa < 2:436902/150‑1 (MQ=255) gTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATATCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAga > 2:620399/1‑149 (MQ=255) gTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAgg > 1:893946/1‑150 (MQ=255) tttAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACa < 1:302681/145‑1 (MQ=255) tttAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACa > 2:302681/1‑145 (MQ=255) tttAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGgcg < 4:656357/150‑1 (MQ=255) aaTCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCgcag > 2:188374/1‑150 (MQ=255) aaTCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATACCCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCgcag < 2:550162/150‑1 (MQ=255) tctcAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCgcagca < 2:1431579/150‑1 (MQ=255) tctcAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCgcagca < 3:589818/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) atatAGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTcc > 1:194481/1‑150 (MQ=255) aGTGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAgtt > 4:66958/1‑150 (MQ=255) tGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAAc > 2:755681/1‑134 (MQ=255) tGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAAc < 1:755681/134‑1 (MQ=255) tGGATAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAgttgt > 2:867920/1‑150 (MQ=255) 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tAGCGTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAg < 4:596784/150‑1 (MQ=255) | TGGCCAGTTTTCCAGGCGCATGCCCAGAGACAGTCCACGGGAAGCCAGCACGTCTTTAATCTCAGTAAGAGATTTTTTACCAAGGTTAGGCGTTTTAAGGAGCTCAACCTCGGTACGCTGTACCAGATCACCGATATAGTGGATAGCTTCTGCTTTAAGGCAGTTAGCAGAGCGGACAGTCAATTCCAGATCGTCAACAGGGCGCAGCAGGATCGGATCGAACTCTGGTTTCTCTTCTTTCACTTCAGGCTGACGTACATCACGTAAGTCAACGAAAGCTTCCAGTTGTTCAG > NC_000913_3_pae_pgi/3440064‑3440356 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |