| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 572325 | 5536 (25.370) | 92 (0.470) | 50/166 | 7.7 | 1.9% | intergenic (+74/‑43) | ybcM/ylcH | DLP12 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator/uncharacterized protein, DLP12 prophage |
| ? | NC_000913 | = 572334 | 4659 (23.920) | intergenic (+83/‑34) | ybcM/ylcH | DLP12 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator/uncharacterized protein, DLP12 prophage | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 1398 total aligned reads displayed.
CACCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATGTCACCGGAG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/572217‑572325‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtcaccggagTTGTTCAGGCTCCGGTGACATAATTATGCCGTGTTGATTTCCCAAAATCAAAATCGATAGAATTGCTCCTTCTTAAAACACTTTTACTCTCTGGAAGCT < NC_000913/572334‑572236 CACCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATG < 1:1116648/100‑1CACCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATG < 1:5222518/100‑1CACCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATG < 1:622096/100‑1CACCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATG < 1:722067/100‑1CACCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATG < 1:3858593/100‑1CACCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATG < 1:2364110/100‑1 CCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGCGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATGTC > 1:1177596/1‑100 CCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATGTC < 1:513301/100‑1 CCAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATGTC > 1:4531888/1‑100 CAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATGTCA > 1:3264213/1‑100 CAAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGGAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATGTCA > 1:5423473/1‑100 AAGAGAGATAAGAAAAGCTTCCAGAGAGTAAAAGTGTTTTAAGAAGGAGCAATTCTATCGATTTTGATTTTGGGAAATCAACACGGCATAATTATGTCAC > 1:5031822/1‑100 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |