| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2733754 = | 361 (1.010) | 9 (0.030) | 8/146 | NT | 2.8% | intergenic (+67/+62) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2733788 = | 304 (0.930) | intergenic (+101/+28) | cocE/panD | Cocaine esterase/Aspartate 1‑decarboxylase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTGTGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2733850‑2733754‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgtggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCTTCATTCA > USA300TCH1516_ALE/2733788‑2733877 TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG < 2:88407/91‑1TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG < 1:3221586/91‑1TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG < 1:3092457/91‑1TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG > 1:3043430/1‑91TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG < 1:4264548/91‑1TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG < 1:6686031/91‑1TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG > 2:1001337/1‑91TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG > 2:3489605/1‑91TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG > 1:1712434/1‑91TGATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCG < 2:6256762/91‑1 ATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTG > 2:2298043/1‑91 ATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTG > 1:2223165/1‑91 ATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTG < 1:6816201/91‑1 ATTCATGAAAAAGAAAATACGATAGTGTTATAAAATTAAATAGCCATCAATAATAAAAAGGGCCACACCTTGGTTTAAGATTCCAAGCGTG > 2:4643413/1‑91 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USA300TCH1516_ALE/2733850‑2733754‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gtgtggcCCTTTTTATTATTGATGGCTATTTAATTTTATAACACTATCGTATTTTCTTTTTCATGAATCATTTCAATAATGACATTATCTTCATTCA > USA300TCH1516_ALE/2733788‑2733877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |