| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,206,089 | C→A | 5.4% | I134I (ATC→ATA) | lspA → | Lipoprotein signal peptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,206,089 | 0 | C | A | 5.4% | 373.9 / 7.3 | 112 | I134I (ATC→ATA) | lspA | Lipoprotein signal peptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (54/52); new base A (2/4); total (56/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.27e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AATTTGTTTATGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGAACAAACAGGTATGCG > USA300TCH1516_ALE/1205952‑1206228 | aaTTTGTTTATGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCa < 1:688653/141‑1 (MQ=255) tttGTTTATGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGa > 2:956233/1‑141 (MQ=255) tttGTTTATGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGa < 2:65088/141‑1 (MQ=255) tGTTTATGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGAtt < 1:169984/141‑1 (MQ=255) gTTTATGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTc < 3:255211/141‑1 (MQ=255) aTGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGt < 2:275304/141‑1 (MQ=255) aTGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGt < 2:62585/141‑1 (MQ=255) tGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGtt < 1:580233/141‑1 (MQ=255) tGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGtt < 4:142522/141‑1 (MQ=255) tGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATAGCAGATTCAAGtt < 4:447906/141‑1 (MQ=255) tGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACGTGGAAACGTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTTATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAgat > 4:322662/1‑139 (MQ=255) aGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAAc < 1:673242/141‑1 (MQ=255) tGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAAt > 2:278350/1‑141 (MQ=255) gCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTTTGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAAtt > 2:726003/1‑141 (MQ=255) cTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTg > 4:368353/1‑141 (MQ=255) tATTAGTTTACTTTTGGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTgg < 3:433618/141‑1 (MQ=255) aCTTTTTGCATGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCTCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATatt < 2:272280/141‑1 (MQ=255) aCTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTTTTTATTTTTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATatt > 2:323945/1‑141 (MQ=255) aCTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAAGAATTGGTGTAATatt > 1:901913/1‑141 (MQ=255) cTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATATTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGCTTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATatta < 4:164526/141‑1 (MQ=255) ttttGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATattaat < 1:371882/141‑1 (MQ=255) ttttGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATAGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATattaat < 1:202549/141‑1 (MQ=255) ttGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATattaatta > 2:924559/1‑141 (MQ=255) tGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAattat > 1:734164/1‑141 (MQ=255) tGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAattat > 2:901795/1‑141 (MQ=255) gTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTg > 2:515696/1‑141 (MQ=255) tGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGc < 2:660635/141‑1 (MQ=255) gCACTTGGAAACTTTATTGATATAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGcc < 2:32017/141‑1 (MQ=255) aCTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCtt < 1:904645/141‑1 (MQ=255) cTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCtta > 2:523001/1‑141 (MQ=255) tGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCttatt > 4:221601/1‑141 (MQ=255) aaaCTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTaaa < 4:421437/141‑1 (MQ=255) aaaCTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTaaa < 4:162626/141‑1 (MQ=255) cTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACACATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAgca > 2:1023697/1‑139 (MQ=255) cTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGa < 2:468685/141‑1 (MQ=255) tttGATAAAATTTTAATAGGAGAAGTTGTTTACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGTAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACt < 2:165587/140‑1 (MQ=255) ttGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACtt < 3:66168/141‑1 (MQ=255) tGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTc < 2:448245/141‑1 (MQ=255) tGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTc < 1:451074/141‑1 (MQ=255) gATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTcc < 3:421834/141‑1 (MQ=255) aTAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCa < 4:388694/141‑1 (MQ=255) aGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAAt < 1:521942/141‑1 (MQ=255) aGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAAt > 3:47804/1‑141 (MQ=255) gAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATa > 4:323082/1‑141 (MQ=255) gAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATa > 3:369680/1‑141 (MQ=255) aaTTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTTGTTTTTTTTTTCCAATATTTAATATCGCATTTTCAAGTTTAACATTTGGTGTAATATTAATTATTATTTCTTTATTATAGGATACTTCCAAtta > 4:11972/1‑139 (MQ=255) aaTTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATaa > 4:185451/1‑141 (MQ=255) ttttAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATaaaa < 1:336864/141‑1 (MQ=255) aaCAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAaagga < 3:99218/141‑1 (MQ=255) aaCAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATCAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATACAaagga > 2:1038114/1‑141 (MQ=255) aCAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAaaggag > 1:374970/1‑141 (MQ=255) aCAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAaaggag > 1:731875/1‑141 (MQ=255) aCAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAaaggag > 1:930151/1‑141 (MQ=255) gagaAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAaaggagaagg > 1:260601/1‑141 (MQ=255) gagaAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGGGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAaaggagaagg > 3:350870/1‑141 (MQ=255) aGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGt > 1:578656/1‑141 (MQ=255) aGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGt < 4:338891/141‑1 (MQ=255) gttgttGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGtt < 3:323082/141‑1 (MQ=255) gttgttGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATAGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGtt < 1:568086/141‑1 (MQ=255) gttgACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAg < 1:208972/141‑1 (MQ=255) gACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTaa > 3:236205/1‑141 (MQ=255) gACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTACCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTaa > 4:416535/1‑141 (MQ=255) cTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCATATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATg < 2:199113/141‑1 (MQ=255) tttATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATgg < 3:217139/141‑1 (MQ=255) tATTGATACAAATTTTTTTGGTTATGATTTTTCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTGAGTGATGgag < 2:346520/141‑1 (MQ=255) aTTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGgaga > 2:385521/1‑141 (MQ=255) aTACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTa < 1:448182/141‑1 (MQ=255) aCAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGTATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATg < 2:186169/141‑1 (MQ=255) aCAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATg < 2:668178/141‑1 (MQ=255) aCAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATg > 1:665520/1‑141 (MQ=255) atatTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAAtt < 1:172772/141‑1 (MQ=255) tatTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGCGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAAttt > 2:793910/1‑141 (MQ=255) tatTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAAttt < 3:383142/141‑1 (MQ=255) tatTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAAttt < 1:226015/141‑1 (MQ=255) aatTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAAttt < 1:637485/140‑1 (MQ=255) tttttGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATAGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTaa > 3:198500/1‑141 (MQ=255) tttttGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATAGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTaa > 1:942245/1‑141 (MQ=255) tttttGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATAGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTaa < 2:1066070/141‑1 (MQ=255) ttttGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAAc > 1:814511/1‑141 (MQ=255) ttGATTATGATTATCAAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATAATAAAAAAAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACAt < 2:779078/141‑1 (MQ=255) tGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACAtt > 1:502354/1‑141 (MQ=255) tGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACAtt > 2:754895/1‑141 (MQ=255) tGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACAtt > 1:951626/1‑141 (MQ=255) gTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTAc > 1:305367/1‑141 (MQ=255) aTGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGa > 2:229666/1‑141 (MQ=255) aTGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGa < 3:33939/141‑1 (MQ=255) aTTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATaa > 2:33807/1‑141 (MQ=255) tttCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAg < 3:368353/141‑1 (MQ=255) tttCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAg > 1:984117/1‑141 (MQ=255) cAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGaaca > 1:272569/1‑141 (MQ=255) cAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACATCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAAAATTATGAATTAAACATTACAGATAAAGaaaa > 2:926682/1‑139 (MQ=255) atatTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGaacaaa > 2:678297/1‑141 (MQ=255) atatTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGaacaaa > 1:712111/1‑141 (MQ=255) tatTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGaacaaac > 1:307156/1‑141 (MQ=255) tatTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGaacaaac > 1:307027/1‑141 (MQ=255) tatTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGaacaaac > 1:161768/1‑141 (MQ=255) tttAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGAACAAACAg > 1:532876/1‑141 (MQ=255) atatCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAAT‑AAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGAACAAACAGGTATg > 2:10496/1‑141 (MQ=255) tatCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGAACAAACAGGTATg > 1:138608/1‑141 (MQ=255) tCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGAACAAACAGGTATGCg < 2:71962/141‑1 (MQ=255) | AATTTGTTTATGCAAGTTGCTATTAGTTTACTTTTTGCAGGTGCACTTGGAAACTTTATTGATAGAATTTTAACAGGAGAAGTTGTTGACTTTATTGATACAAATATTTTTGGTTATGATTTTCCAATATTTAATATCGCAGATTCAAGTTTAACAATTGGTGTAATATTAATTATTATTGCCTTATTAAAGGATACTTCCAATAAAAAGGAGAAGGAGGTTAAGTAATGGAGACTTATGAATTTAACATTACAGATAAAGAACAAACAGGTATGCG > USA300TCH1516_ALE/1205952‑1206228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |