| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | USA300TCH1516_ALE | 1,310,096 | 0 | G | A | 6.4% | 315.9 / 5.8 | 103 | intergenic (+121/‑44) | cinA/recA | Putative competence‑damage inducible protein/Protein RecA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/46); new base A (2/5); total (52/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.69e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GGCTTAGAACAACAAATTAATTGTATTATCGATAAAAATATAAGCACGTTTGTTCGTTTTTGCGTTTTGATTTCAAGATTTTATACGAACAAATATTCGCAAAACACTTGTATTTTATTTTGAATCCTTGTATAGTATTGGTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGTTGGGTGACAATATAG > USA300TCH1516_ALE/1309956‑1310236 | ggCTTAGAACAACAAATTAATTGTATTATCGATAAAAATATAAGCACGTTTGTTCGTTTTTGCGTTTTGATTTCAAGATTTTATACGAACAAATATTCGCAAAACACTTGTATTTTATTTTGAATCCTTGTATAGTATTgg < 2:304214/141‑1 (MQ=255) cTTAGAACAACAAATTAATTGTATTATCGATAAAAATATAAGCACGTTTGTTCGTTTTTGCGTTTTGATTTCAAGATTTTATACGAACAAATATTCGCAAAACACTTGTATTTTATTTTGAATCCTTGTATAGTATTGGTa > 1:559884/1‑141 (MQ=255) aGAACAACAAATTAATTGTATTATCGATAAAAATATAAGCACGTTTGTTCGTTTTTGCGTTTTGATTTCAAGATTTTATACGAACAAATATTCGCAAAACACTTGTATTTTATTTTGATTCCTTGTATAGCATTGGTAAGa > 2:318859/1‑141 (MQ=255) aGAACAACAAATTAATTGTATTATCGATAAAAATATAAGCACGTTTGTTCGTTTTTGCGTTTTGATTTCAAGATTTTATACGAACAAATATTCGCAAAACACTTGTATTTTATTTTGAATCCTTGTATAGTATTGGTAAGa > 2:633831/1‑141 (MQ=255) 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cTTGTATAGTATTGGTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGtt > 2:435453/1‑141 (MQ=255) cTTGTATAGTATTGGTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGtt > 2:435584/1‑141 (MQ=255) tGTATAGTATTGGTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGTTgg < 1:188677/141‑1 (MQ=255) ataGTATTGGTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGc < 4:83236/124‑1 (MQ=255) ataGTATTGGTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGc > 3:83236/1‑124 (MQ=255) ataGTATTGGTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGTTGGGTg < 1:337896/141‑1 (MQ=255) ataGTATTGGTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATGAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGTTGGGTg > 2:434511/1‑141 (MQ=255) tgTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCaa > 1:700744/2‑63 (MQ=255) ggTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCAGCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGTTGGGTGACAAtata < 1:1053074/141‑1 (MQ=255) gTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGTTGGGTGACAATATAg < 2:673152/141‑1 (MQ=255) gTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGTTGGGTGACAATATAg < 1:75743/141‑1 (MQ=255) | GGCTTAGAACAACAAATTAATTGTATTATCGATAAAAATATAAGCACGTTTGTTCGTTTTTGCGTTTTGATTTCAAGATTTTATACGAACAAATATTCGCAAAACACTTGTATTTTATTTTGAATCCTTGTATAGTATTGGTAAGATAATTAAAAGATAGCAATTTCAATTAGGAGGTCTCGCTTTGGATAACGATCGTCAAAAAGCTTTAGATACAGTAATTAAAAATATGGAGAAATCTTTCGGTAAAGGTGCCGTAATGAAGTTGGGTGACAATATAG > USA300TCH1516_ALE/1309956‑1310236 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |