| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,315,802 | C→T | 5.1% | L362L (CTA→TTA) | korA → | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,315,802 | 0 | C | T | 5.1% | 371.5 / 4.7 | 117 | L362L (CTA→TTA) | korA | 2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (69/41); new base T (4/2); total (73/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
AGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGC > USA300TCH1516_ALE/1315663‑1315941 | aGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCt < 2:518519/141‑1 (MQ=255) gATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTa > 1:1049628/1‑141 (MQ=255) gATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATAGTTGTAGCACCAACTGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCCTTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTTTa > 4:304044/1‑141 (MQ=255) aaTTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTa < 2:234276/140‑1 (MQ=255) ttAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGt < 1:516025/141‑1 (MQ=255) ttAATGCAAATGATTTATGGTACACATAGAGAAAAAAAAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGt < 2:406984/141‑1 (MQ=255) tGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGAtt < 1:291573/141‑1 (MQ=255) gCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGAttt > 1:290574/1‑141 (MQ=255) gCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGAttt > 2:489954/1‑141 (MQ=255) gCAAATGATTTATAGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGAttt < 4:281456/141‑1 (MQ=255) cAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAANTGATTTg > 2:813906/1‑141 (MQ=255) aaaTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGc > 1:708439/1‑141 (MQ=255) aaTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCa < 2:595032/141‑1 (MQ=255) aTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCaa < 2:617741/141‑1 (MQ=255) aTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCaa > 2:99457/1‑141 (MQ=255) aTGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCaa > 2:608128/1‑141 (MQ=255) gATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGACGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAAtt > 2:1000374/1‑141 (MQ=255) aTTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTa > 2:467539/1‑141 (MQ=255) aTTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTa < 1:543867/141‑1 (MQ=255) aTTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTa < 1:543862/141‑1 (MQ=255) ttATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATc > 3:280094/1‑141 (MQ=255) aTGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCtt > 2:917326/1‑141 (MQ=255) aTGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCtt < 1:806693/141‑1 (MQ=255) aTGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCtt > 3:227245/1‑141 (MQ=255) aTGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCtt > 1:62746/1‑141 (MQ=255) aTGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCtt > 3:72414/1‑141 (MQ=255) tGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCttt > 2:848184/1‑141 (MQ=255) tACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAgg < 2:891681/141‑1 (MQ=255) tACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAAACACGACATATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAgg > 1:29959/1‑141 (MQ=255) acaTGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTaa < 2:252249/141‑1 (MQ=255) tGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTaaaca > 2:887063/1‑141 (MQ=255) tGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTaaaca > 2:488376/1‑141 (MQ=255) tGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTaaacaaac > 3:105840/1‑141 (MQ=255) tGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTaaacaaac > 3:105818/1‑141 (MQ=255) tGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTaaacaaac > 3:367160/1‑141 (MQ=255) gATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACt > 2:176378/1‑141 (MQ=255) tatTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGt > 3:286662/1‑141 (MQ=255) ttCCAAAAAATGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTg > 1:956513/1‑141 (MQ=255) tCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGa < 2:449140/141‑1 (MQ=255) aaaaaTTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGaaaa > 2:13216/1‑141 (MQ=255) aaaaaTTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGaaaa > 2:767645/1‑141 (MQ=255) aaaaTTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGaaaaa > 1:569208/1‑141 (MQ=255) aTTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTa < 1:770076/141‑1 (MQ=255) ttgttgTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAg < 3:258240/141‑1 (MQ=255) ttgtAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGAtt > 2:377769/1‑141 (MQ=255) ttgtAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGAtt > 2:489442/1‑141 (MQ=255) ttgtAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGAtt > 2:49829/1‑141 (MQ=255) ttgtAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGAtt < 3:176745/141‑1 (MQ=255) tgtAGCACCAACTGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCCTTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTTTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATta > 2:822190/1‑141 (MQ=255) tgtAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATta > 3:296468/1‑141 (MQ=255) tgtAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATta > 2:629588/1‑141 (MQ=255) tgtAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATta > 2:707619/1‑141 (MQ=255) gtAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGTTtat > 3:169421/1‑141 (MQ=255) gtAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATtat > 2:172169/1‑141 (MQ=255) aCAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTAtt > 2:837146/1‑141 (MQ=255) aCAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTAtt > 4:337128/1‑141 (MQ=255) cAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTg > 3:111119/1‑141 (MQ=255) tGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAAt < 1:435826/141‑1 (MQ=255) cAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTa > 1:111159/1‑141 (MQ=255) aagaTGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAAc < 3:13294/141‑1 (MQ=255) tGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACgtgg > 3:80883/1‑141 (MQ=255) gCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACgtggt < 3:146588/141‑1 (MQ=255) cATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACgtggtg > 1:737850/1‑141 (MQ=255) tatttaACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATc > 4:113045/1‑141 (MQ=255) tttaACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCAt < 2:938611/141‑1 (MQ=255) tttaACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCAt > 3:237674/1‑141 (MQ=255) aCTATGGAAGCCTTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTTTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGCATTg < 1:1016607/115‑1 (MQ=255) aCTATGGAAGCCTTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTTTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGCATTg > 2:1016607/1‑115 (MQ=255) aCTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCaa < 4:14641/141‑1 (MQ=255) aCTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCaa > 1:1087026/1‑141 (MQ=255) aCTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCaa > 3:241745/1‑141 (MQ=255) gAAGCCTTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTTTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGCATTGAAATTAAACGAGGTGAAATCATTCAATCTGat > 1:502200/1‑141 (MQ=255) gAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGat > 2:102015/1‑141 (MQ=255) gAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTACTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGat > 1:1003880/1‑141 (MQ=255) tgtatttattttaGTATAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGTAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATATTCGTATTGAAATTAAACGTTGTGAAATCATTCAATCTGatat < 1:610527/138‑1 (MQ=255) aacaataaatttaAAAAAACAATATCAATACCCTTATATAGTTATAAGTAATTTGCAATTATCTTTAGGTAAAAAAAAAATAAAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGatat < 4:416118/134‑1 (MQ=255) aGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGatat < 3:284211/141‑1 (MQ=255) tttaatttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGaa > 3:7613/1‑141 (MQ=255) ttaatttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAAc > 2:624611/1‑141 (MQ=255) aatttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGt > 1:917698/1‑141 (MQ=255) tttaGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGCTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTga < 1:428105/141‑1 (MQ=255) gCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCTATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTgaagaa < 1:854559/141‑1 (MQ=255) aaCAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAgatg > 1:64606/1‑141 (MQ=255) tatCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATaaa > 1:1048493/1‑141 (MQ=255) tCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAgg > 2:711679/1‑141 (MQ=255) cAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGt < 4:286662/141‑1 (MQ=255) tGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTCGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGatat > 2:4856/1‑141 (MQ=255) tGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTGAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTAt > 1:19084/1‑141 (MQ=255) cccTGTTAAAGTTCAAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTAttt < 1:346241/141‑1 (MQ=255) ccTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTc > 1:267247/1‑141 (MQ=255) cTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCa > 2:1020868/1‑141 (MQ=255) tGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAGAGGTTATTTCaa < 4:148287/141‑1 (MQ=255) ttATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGc < 2:872809/141‑1 (MQ=255) ttATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGc < 1:498966/141‑1 (MQ=255) tataGTTTTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGCATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCg < 3:194856/141‑1 (MQ=255) tataGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCg < 2:115710/141‑1 (MQ=255) ataGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGt > 1:409317/1‑141 (MQ=255) ataGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGt < 1:608128/141‑1 (MQ=255) gTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGACAAAGGTTATTTCAAGCGCTAt > 2:480671/1‑141 (MQ=255) tCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGc > 2:887943/1‑141 (MQ=255) | AGATTTAATGCAAATGATTTATGGTACACATGGTGATATTCCAAAAATTGTTGTAGCACCAACAGATGCAGAAGATGCATTTTATTTAACTATGGAAGCATTTAATTTAGCAGAACAATATCAATGCCCTGTTATAGTTCTAAGTGATTTGCAATTATCTTTAGGTAAACAAACTGTTGAAAAATTAGATTATAATCGTATTGAAATTAAACGTGGTGAAATCATTCAATCTGATATTGAACGTGAAGAAGATGATAAAGGTTATTTCAAGCGTTATGC > USA300TCH1516_ALE/1315663‑1315941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |