| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,746,065 | A→T | 5.1% | V301D (GTC→GAC) | recJ ← | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,746,065 | 0 | A | T | 5.1% | 373.7 / 8.9 | 118 | V301D (GTC→GAC) | recJ | Single‑stranded‑DNA‑specific exonuclease RecJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/59); new base T (4/2); total (57/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TAAAAGTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAGCAATGCTTTAACA > USA300TCH1516_ALE/1745926‑1746205 | tAAAAGTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGAc < 1:74521/141‑1 (MQ=255)tAAAAGTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGAc < 1:612161/141‑1 (MQ=255) aaaaGTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACg < 1:706394/141‑1 (MQ=255) aaaGTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCGATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACgt > 3:378228/1‑141 (MQ=255) aaaGTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACgt < 2:56992/141‑1 (MQ=255) aaGTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACgtc < 1:948387/141‑1 (MQ=255) aGTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACgtca > 1:49754/1‑141 (MQ=255) gTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACgtcag < 2:638183/141‑1 (MQ=255) aaaaTAAATCTCCCTTTTTAATTTTTGTTTCTGCCATAGCAATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCTACgtcagtca > 2:278984/1‑141 (MQ=255) aaataaatCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGtcat < 1:643019/141‑1 (MQ=255) aaataaatCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGtcat < 2:916019/141‑1 (MQ=255) aataaatCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGtcatc < 1:454326/141‑1 (MQ=255) aataaatCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGtcatc < 1:869840/141‑1 (MQ=255) ataaatCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGtcatca > 1:136395/1‑141 (MQ=255) aaatCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATcaac < 4:280796/141‑1 (MQ=255) atCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATcaacaa < 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cTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAatg > 2:53351/1‑141 (MQ=255) cGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGc < 1:696885/141‑1 (MQ=255) tCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCa < 2:1084930/141‑1 (MQ=255) cTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCAt < 2:770441/141‑1 (MQ=255) tGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATc > 3:321545/1‑141 (MQ=255) cccATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACTTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCt < 2:275467/140‑1 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tgATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTc > 1:611220/1‑141 (MQ=255) tgATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTc < 3:450564/141‑1 (MQ=255) tgATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTc < 4:68815/141‑1 (MQ=255) gATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCt < 1:698387/141‑1 (MQ=255) tAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAg < 2:376059/141‑1 (MQ=255) aGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAATAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACATACAGCATTAAGTCTAgg > 4:146695/1‑141 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2:148967/1‑141 (MQ=255) aGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTACTGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAg < 2:237835/141‑1 (MQ=255) aGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAg > 1:286231/1‑141 (MQ=255) aGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATGGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAg < 2:238026/141‑1 (MQ=255) gCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAGc > 2:889631/1‑141 (MQ=255) tcttcGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAGCAATGCt > 1:833770/1‑141 (MQ=255) tcttcGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAGCAATGCt < 1:105370/141‑1 (MQ=255) ttcGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAGCATTGCttt > 1:660253/1‑141 (MQ=255) ttcGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAGCAATGCttt > 4:66780/1‑141 (MQ=255) ttcGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAGCAATCCttt > 4:265576/1‑141 (MQ=255) aCGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCATTTGTATCCCGCTTCTTTTAGCAATGCTTTAAc < 3:319895/141‑1 (MQ=255) | TAAAAGTAAAAATAAATCTCCCTTTTTAACTTTCGTTTCTGCCATAGCCATTGCTTCTTCTGTGATAGTTGCTACAATATCTTTTCTTTCACGGTTAAAATGTTCAACTTGTTCTGCTAAAAATGCAGCTTCTTCTTCGACGTCAGTCATCAACAATTCGCAAGCTAATGATGCGTCATCTAAACGACCTACAGCATTAAGTCTAGGTCCAATAATAAAACCAATTGTTTCTTCATCAATATTGTCA‑TTGTATCCCGCTTCTTTTAGCAATGCTTTAACA > USA300TCH1516_ALE/1745926‑1746205 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |