| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 153,657 | T→C | 6.6% | A420A (GCT→GCC) | rfbX → | Putative O‑antigen transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 153,657 | 0 | T | C | 6.6% | 305.4 / 7.6 | 104 | A420A (GCT→GCC) | rfbX | Putative O‑antigen transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (49/48); new base C (4/3); total (53/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
ATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATGGCAAA > USA300TCH1516_ALE/153517‑153796 | atatatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTgctgct < 1:244177/141‑1 (MQ=255) tatatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGctgctg < 2:444108/141‑1 (MQ=255) tatatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGctgctg < 2:385219/141‑1 (MQ=255) tatTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAATATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGtt > 2:862784/1‑141 (MQ=255) atTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTa < 1:318369/141‑1 (MQ=255) ttttATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTatg < 1:44707/141‑1 (MQ=255) tATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTatgatg < 3:391606/141‑1 (MQ=255) tATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTatgatg < 1:472864/141‑1 (MQ=255) aTGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGt > 1:594353/1‑141 (MQ=255) gAATTTACGGTGCGGCTATTGCACGTTTAATTACAGAGTTTATCTTACTTATTTGGCGATTTGTTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCCGTTATGATGTTTa > 2:759909/1‑141 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tgtgTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCaa > 1:818002/1‑141 (MQ=255) tgtCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATa > 1:742963/1‑141 (MQ=255) ttGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTAt > 3:132556/1‑141 (MQ=255) tgctgcTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATg > 3:246036/1‑141 (MQ=255) tgctgTTATGATGTTTCTTCGGGTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATGGCa < 1:555866/141‑1 (MQ=255) tgctgTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATGGCa < 4:109511/141‑1 (MQ=255) tgatgTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAATACGTATGGCa < 2:946581/138‑1 (MQ=255) gctgTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATGGCaa > 1:422649/1‑141 (MQ=255) gctgTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCAGTATTTGCCCCCTACAATTTACGCTACGCGGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGAGGACTATGAAAAGTCAATACGTATGGCaa > 2:647511/1‑141 (MQ=255) ctgTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTCCGCTACGCTGCTATTAATTGCGATAGGTAAAGTAGTTTAAACATTGTTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATGGCaaa > 1:158139/1‑141 (MQ=255) ctgTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATGGCaaa > 3:198412/1‑141 (MQ=255) | ATATATTTTTATGGAATTTACGGTGCTGCTATTGCGCGTTTAATTACAGAGTTTTTCTTGCTCATTTGGCGATTTATTGATATTACTAAAATCAATGTGAAGTTGAATATTGTAAGTACGATTCAATGTGTCATTGCTGCTGTTATGATGTTTATTGTGCTTGGTGTGGTCAATCATTATTTGCCCCCTACAATGTACGCTACGCTGCTATTAATTGCGATTGGTATAGTAGTTTATCTTTTATTAATGATGACTATGAAAAATCAATACGTATGGCAAA > USA300TCH1516_ALE/153517‑153796 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |