| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,696,979 | G→A | 6.1% | D98N (GAC→AAC) | copA → | Copper‑exporting P‑type ATPase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,696,979 | 0 | G | A | 6.1% | 440.8 / 10.2 | 142 | D98N (GAC→AAC) | copA | Copper‑exporting P‑type ATPase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (73/60); new base A (5/4); total (78/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
ATCAACATGATGTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAATAAA > USA300TCH1516_ALE/2696839‑2697119 | aTCAACATGATGTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCAGTATTAAAAAAGTGTTAAATAAAATgg < 4:332046/141‑1 (MQ=255) cAACATGATGTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGGAc > 3:327475/1‑141 (MQ=255) cATGATGTGCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATGTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGGACGGc < 2:99800/141‑1 (MQ=255) cATGATGTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGGACGGc > 4:62062/1‑141 (MQ=255) 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gtTAAATAAAATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACGATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTaa > 4:8315/1‑141 (MQ=255) aataaaATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGAt > 1:897163/1‑141 (MQ=255) aataaaATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGAt < 1:1022422/141‑1 (MQ=255) aaaaTGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAAc < 1:467709/141‑1 (MQ=255) aaaTGGACGGAGTACAAAATGAAACGGTAAATTTAAGAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGTTAAACTTGAAAAAAAAAAAAAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACa < 4:40501/141‑1 (MQ=255) aTGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAAt > 1:751364/1‑141 (MQ=255) aTGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAAt > 1:751371/1‑141 (MQ=255) tGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAATa < 4:220779/141‑1 (MQ=255) tGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAATa < 3:122420/141‑1 (MQ=255) ggACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAATaa < 1:400644/141‑1 (MQ=255) gACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAATAGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATAACGCGTCTATTAAAGAAAACAATaaa > 2:461650/1‑141 (MQ=255) | ATCAACATGATGTCCAAGAATTTATTAATACGATTCAACATTTAGGTTACGGTGTCGCTGTAGAAACTGTCGAATTAGACATTACAGGTATGACTTGTGCTGCATGCTCAAGCCGTATTGAAAAAGTGTTAAATAAAATGGACGGCGTTCAAAATGCAACGGTCAATTTAACAACAGAGCAAGCTAAAGTTGACTATTATCCTGAAGAAACAGATGCTGATAAACTTGTCACTCGCATTCAAAAATTAGGTTATGACGCGTCTATTAAAGATAACAATAAA > USA300TCH1516_ALE/2696839‑2697119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |