| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | USA300TCH1516_ALE | 313,483 | 0 | C | T | 5.4% | 509.3 / 6.7 | 162 | L220L (TTG→TTA) | rebM | Demethylrebeccamycin‑D‑glucose O‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/80); new base T (7/3); total (79/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 165 total aligned reads displayed.
TCAAACATAGATACAAAGTACAGTTAGTGGCATTATATTTAGTGCTCTTTTTTAGCGACAAAAGTAATATAATTCATATCTTTACGCAATTTAGTCATCGTTTTAAACATTTTACAAAACATTGGTCGATTTTCTTTTTTCAAAGCATTGTTGATAATCTTTATAGTTCCAACAATACCTTCGTCATAAATTAAACCTTTTGGTGTCATTAAACTCATTGGACCAGTATGATAATGCACATGATTAAAACCAGCTTGATTATATAAATCTAACCAGCCAAG > USA300TCH1516_ALE/313343‑313623 | tCAAACATCGATACAAAGTACAGTTAGTGGCATTATATTTAGTGCTCTTTTTTAGCGACAAAAGTAATATAATTCATCTCTTTACTCAATTTAGTCATCGTTTTAAACATTTTACAAAACATTGGTCGATTTTCTTTTTTc < 1:21011/141‑1 (MQ=255) cAAACATAGATACAAAGTACAGTTAGTGGCATTATATTTAGTGCTCTTTTTTAGCGACAAAAGTAATATAATTCATATCTTTACGCAATTTAGTCATCGTTTTAAACATTTTACAAAACATTGGTCGATTTTCTTTTTTCa < 1:100179/141‑1 (MQ=255) aaaCATAGATACAAAGTACAGTTAGTGGCATTATATTTAGTGCTCTTTTTTAGCGACAAAAGTAATATAATTCATATCTTTACGCAATTTAGTCATCGTTTTAAACATTTTACAAAACATTGGTCGATTTTCTTTTTTCaa < 4:149516/141‑1 (MQ=255) aTAGATACAAAGTACAGTTAGTGGCATTATATTTAGTGCTCTTTTTTAGCGACAAAAGTAATATAATTCATATCTTTACGCAATTTAGTCATCGTTTTAAACATTTTACAAAACATTGGTCGATTTTCTTTTTTCAAAGCa < 3:243823/141‑1 (MQ=255) 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1:581756/1‑141 (MQ=255) tttttCAAAGCATTGTTGATAATCTTTATAGTTCCAACAATACCTTCGTCATAAATTAAACCTTTTGGTGTCATTAAACTCATTGGACCAGTATGATAATGCACATGATTAAAACCAGCTTGATTATATAAATCTAACCAg < 2:347638/141‑1 (MQ=255) tttttCAAAGCATTGTTGATAATCTTTATAGTTCCAACAATACCTTCGTCATAAATTAAACCTTTTGGTGTCATTAAACTCATTGGACCAGTATGATAATGCACATGATTAAAACCAGCTTGATTATATAAATCTAACCAg > 1:588603/1‑141 (MQ=255) ttttCAAAGCATTGTTGATAATCTTTATAGTTCCAACAATACCTTCGTCATAAATTAAACCTTTTGGTGTCATTAAACTCATTGGACCAGTATGATAATGCACATGATTAAAACCAGCTTGATTATATAAATCTAACCAGc > 1:17687/1‑141 (MQ=255) cAAAGCATTGTTGATAATCTTTATAGTTCCAACAATACCTTCGTCATAAATTAAACCTTTTGGTGTCATTAAACTCATTGGACCAGTATGATAATGCACATGATTAAAACCAGCTTGATTATATAAATCTAACCAGCCAAg > 3:233085/1‑141 (MQ=255) | TCAAACATAGATACAAAGTACAGTTAGTGGCATTATATTTAGTGCTCTTTTTTAGCGACAAAAGTAATATAATTCATATCTTTACGCAATTTAGTCATCGTTTTAAACATTTTACAAAACATTGGTCGATTTTCTTTTTTCAAAGCATTGTTGATAATCTTTATAGTTCCAACAATACCTTCGTCATAAATTAAACCTTTTGGTGTCATTAAACTCATTGGACCAGTATGATAATGCACATGATTAAAACCAGCTTGATTATATAAATCTAACCAGCCAAG > USA300TCH1516_ALE/313343‑313623 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |