| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 803,539 | A→G | 6.2% | intergenic (‑239/+31) | USA300HOU_RS03920 ← / ← dtpT | Putative lipid kinase/Di‑/tripeptide transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 803,539 | 0 | A | G | 6.2% | 444.0 / 13.5 | 159 | intergenic (‑239/+31) | USA300HOU_RS03920/dtpT | Putative lipid kinase/Di‑/tripeptide transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/87); new base G (6/4); total (67/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 160 total aligned reads displayed.
AATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAATTTGTTTGACCTA > USA300TCH1516_ALE/803400‑803679 | aaTGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATATATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGAc < 2:1058144/141‑1 (MQ=255)aaTGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTAGAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGAc < 1:853700/141‑1 (MQ=255) aTGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACt < 3:40406/141‑1 (MQ=255) aTGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACt < 1:305066/141‑1 (MQ=255) tGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACtt < 1:653735/141‑1 (MQ=255) tGAAATTGATTTCTATAGAGTGGAACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACtt < 2:959757/141‑1 (MQ=255) aaaTTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTAc < 3:350110/141‑1 (MQ=255) aaaTTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTAc < 2:625082/141‑1 (MQ=255) aTTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTg > 2:791325/1‑141 (MQ=255) ttGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGt < 1:31092/141‑1 (MQ=255) ttGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGt < 1:667848/141‑1 (MQ=255) ttacttCTAGCGATTGAGACGAGAATTTGTTTTTATAGCGGACTATTATTAGCGTATTAAGTTTTTATTTATACTGACATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATATAAAAACAGTATGTCATTTAAATGGCTTACTGtt < 2:630346/137‑1 (MQ=255) aTTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGtttt < 1:45500/141‑1 (MQ=255) aTTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGtttt < 1:45464/141‑1 (MQ=255) tttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGttttt < 1:103496/141‑1 (MQ=255) tttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGttttt < 1:103497/141‑1 (MQ=255) tttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGttttt < 3:310383/141‑1 (MQ=255) tttCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGttttt < 2:52844/141‑1 (MQ=255) tCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTg > 1:445372/1‑141 (MQ=255) atataGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACAGTTTTTTGa < 1:957589/140‑1 (MQ=255) ataGAGTGAGACTAGAAAATATAGTTATAGCATTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAAGTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAAt < 3:168512/141‑1 (MQ=255) gagTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAg < 2:68728/141‑1 (MQ=255) gagTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAg > 2:174945/1‑141 (MQ=255) agTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAgg > 3:457171/1‑141 (MQ=255) gggACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCca < 2:709684/141‑1 (MQ=255) ggACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCcaa > 1:505835/1‑141 (MQ=255) ggACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCcaa > 3:22086/1‑141 (MQ=255) ggACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCcaa > 3:182260/1‑141 (MQ=255) gACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCcaac < 3:135579/141‑1 (MQ=255) aCGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCAATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCcaaca < 2:189681/141‑1 (MQ=255) aaaaTATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATAtt > 4:281830/1‑141 (MQ=255) atatAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAAc > 1:836730/1‑141 (MQ=255) aGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGtat < 2:83961/141‑1 (MQ=255) gTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGtata > 4:394819/1‑141 (MQ=255) gTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGtata < 1:951369/141‑1 (MQ=255) tataGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTAAATTTAATTAATAGAAAACTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGACCACAAAAATTCACCTATAcc > 4:293399/1‑141 (MQ=255) taGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCtt < 4:192649/141‑1 (MQ=255) aGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACATTAAGCCATTTAAATGTCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAACATTAACTAATACCttt > 2:318608/1‑141 (MQ=255) gCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTCATAGAAAAATAAACAAAAACCGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCtttg < 1:1028971/141‑2 (MQ=255) gCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTc > 1:16208/1‑141 (MQ=255) cTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCa < 1:736514/141‑1 (MQ=255) tataATGATCATATTAACTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTTATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAACCCATTTAAATGCCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATCCCTTTCATCGCt < 4:192937/141‑1 (MQ=255) tataATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATcaaa < 1:558300/141‑4 (MQ=255) aTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtga < 1:568656/141‑1 (MQ=255) aTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtga < 1:569004/141‑1 (MQ=255) aTGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTAATcatcaaag < 2:236766/141‑8 (MQ=255) tGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtgat > 2:1031349/1‑141 (MQ=255) gAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTtgatg < 2:917539/141‑1 (MQ=255) cATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGAtt > 2:421424/1‑141 (MQ=255) cATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGAtt > 1:33812/1‑141 (MQ=255) atTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTaaa > 2:438854/1‑141 (MQ=255) atTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTaaa > 3:249648/1‑141 (MQ=255) ttAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAg < 2:162221/141‑1 (MQ=255) tAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAgg > 2:737232/1‑141 (MQ=255) aGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTg < 1:323840/141‑1 (MQ=255) tttatttaTACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGAt < 3:410360/141‑1 (MQ=255) ttatttatACTGATATCTTGAAATTAATTAATAGAAACCGATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAATAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGTTGAGAtt > 2:106950/1‑141 (MQ=255) tatttatACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTg > 3:100038/1‑141 (MQ=255) tttatACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCt < 2:717704/141‑1 (MQ=255) tttatACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCt < 1:886260/141‑1 (MQ=255) ataCTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGTCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAAt < 4:219955/141‑1 (MQ=255) taCTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATa > 3:301043/1‑141 (MQ=255) tGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACaa < 1:806172/141‑1 (MQ=255) atCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAAttgt > 4:152517/1‑141 (MQ=255) tGAATCTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTa < 1:110131/141‑1 (MQ=255) gAATTTAATTAATAGGAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAGATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTaa < 2:17221/141‑1 (MQ=255) gAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAGTGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTaa > 1:1063026/1‑141 (MQ=255) aaTTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAAc > 1:779005/1‑141 (MQ=255) aaTTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAAc < 2:675038/141‑1 (MQ=255) aaTTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAAc < 2:419618/141‑1 (MQ=255) attaatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACaataat > 1:276384/1‑141 (MQ=255) attaatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGGTTTTTGAATGAGGCCAACAAGATGAACGTAGACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTTTAACaataat > 1:488366/1‑141 (MQ=255) taatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTg < 2:304186/141‑1 (MQ=255) taatAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTATTGTTACAACAATTg < 3:39811/141‑1 (MQ=255) tAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGcaa < 1:1030250/141‑1 (MQ=255) aGAAACCTATAAAAAAACAGTAATCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGcaac < 2:22835/141‑1 (MQ=255) aaaCCTATAAAAAAAC‑GTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGAATGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCaacaac > 2:168306/1‑141 (MQ=255) cTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTATTTAAAAGAAAACAATAATAATAACGAAAGCGTTTCATCGCTTTGATGATTAAGAGAGAGAGTGCAACTAGAATTGTGGTAAAAATAAATACAaaaacagc > 2:497249/1‑139 (MQ=255) aaaaaaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGa > 2:775826/1‑141 (MQ=255) aaaaaaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGa > 1:299195/1‑141 (MQ=255) aaaaaaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGa > 2:1049274/1‑141 (MQ=255) aaaaaaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTCTTTAGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGATATGATGATAAAAGGTGAGATTGCCAATACAATTGTTGTAACTATAATTGCAACAACCCCTACGa > 2:951850/1‑141 (MQ=255) aaCAGTAATCCAGTTAAATGACTTAATGTTTGTGGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAAt < 2:111718/141‑1 (MQ=255) aaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAAt < 1:995022/141‑1 (MQ=255) aaCAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAAt < 1:995127/141‑1 (MQ=255) cAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGAATGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATaa < 1:120290/141‑1 (MQ=255) aGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATaaa < 4:263959/141‑1 (MQ=255) gTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAg > 1:1050222/1‑141 (MQ=255) gTAAGTCATTTAAATGGCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAg > 3:135921/1‑141 (MQ=255) gTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAg < 2:349016/141‑1 (MQ=255) aagtcATTTAAATGGCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTa > 1:288764/5‑141 (MQ=255) gCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATTCCTTTCATCGCTTTTTTTTTTTAATGTGAGATTGCTAATACAATCGTTGTAACAATCATTGCAACAACCCCTCGGAAAATACAGTatt < 4:127036/141‑3 (MQ=255) tttAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAAtttgt < 3:193026/141‑1 (MQ=255) tAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAAtttgttt > 3:81051/1‑141 (MQ=255) aaTGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGTTAACAATATTAACGTATACTTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAAAAACTAGGAAAATAAAGTAATTTGTTTGa > 2:892098/1‑141 (MQ=255) aaTGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAATTTGTTTGa > 1:151808/1‑141 (MQ=255) aTGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGAATGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAATTTGTTTGAc < 4:299476/141‑1 (MQ=255) tGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAATTTGTTTGAcc < 2:133929/141‑1 (MQ=255) gACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAATTTGTTTGACCt < 1:143170/141‑1 (MQ=255) aCTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAATTTGTTTGACCTa < 1:208315/141‑1 (MQ=255) | AATGAAATTGATTTCTATAGAGTGGGACGAGAAAATATAGTTATAGCTGTCTATAATGAGCATATTAAGTTTTTATTTATACTGATATCTTGAATTTAATTAATAGAAACCTATAAAAAAACAGTAAGCCATTTAAATGACTTACTGTTTTTTGAATTAGGCCAACAATATTAACGTATACCTTTCATCGCTTTGATGATTAAAGGTGAGATTGCTAATACAATTGTTGTAACAATAATTGCAACAACACCTAGGAAAATAAAGTAATTTGTTTGACCTA > USA300TCH1516_ALE/803400‑803679 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |