| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 895,375 | C→T | 5.5% | V132V (GTC→GTT) | metQ_2 → | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 895,375 | 0 | C | T | 5.5% | 387.3 / 7.7 | 127 | V132V (GTC→GTT) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (72/47); new base T (4/3); total (77/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.33e-01 | |||||||||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGATATT > USA300TCH1516_ALE/895235‑895510 | cAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTc > 1:131139/1‑141 (MQ=255) aTACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTAtg > 4:22938/1‑141 (MQ=255) acacCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTAtgtg > 2:988394/1‑141 (MQ=255) cacCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGTTGCAACAGTCTATgtgt < 2:594710/141‑1 (MQ=255) cacCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATgtgt > 1:25271/1‑141 (MQ=255) ttAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTaataat > 1:1084786/1‑141 (MQ=255) ttAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTaataat > 3:12390/1‑141 (MQ=255) tAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCGAAAAAGTATAAAAGATTAAAAGAATTACAAAAAGGTGCAACAATATATGTGTCTaataata > 4:415506/1‑140 (MQ=255) acacAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAg > 2:439336/1‑141 (MQ=255) acacAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAg > 1:441827/1‑141 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ggTGCTGTTCAATTAGCACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGGATTTCCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGACCAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGt < 2:28181/141‑1 (MQ=255) ggTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGt < 1:290776/141‑1 (MQ=255) gTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGtt > 2:1041287/1‑141 (MQ=255) gTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGtt < 1:375263/141‑1 (MQ=255) tGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGttt < 3:110655/141‑1 (MQ=255) tGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGttt < 1:390807/141‑1 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tataAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAg > 3:136928/1‑141 (MQ=255) taAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGtt > 1:54271/1‑141 (MQ=255) taAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGtt > 2:845382/1‑141 (MQ=255) aaaaGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGttt > 3:20391/1‑141 (MQ=255) aaaGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCGACAGTTTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGCTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAGATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTa < 4:164807/141‑1 (MQ=255) aaGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAg > 4:79915/1‑141 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aaaGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATaaa > 2:636033/1‑141 (MQ=255) aaGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATaaaa > 1:252289/1‑141 (MQ=255) aGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATaaaaa > 2:799079/1‑141 (MQ=255) ggTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATaaaaaa > 4:271498/1‑141 (MQ=255) gCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGat > 1:768180/1‑141 (MQ=255) gCAACAGTCTATGTGTCGAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGat < 2:713503/141‑1 (MQ=255) aaCAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGatat < 3:273210/141‑1 (MQ=255) aaCAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGatat < 2:718702/141‑1 (MQ=255) aCAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGATAtt > 1:627908/1‑141 (MQ=255) aCAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGATAtt < 1:19996/141‑1 (MQ=255) | CAACATACACCATATTTAAACACAGAGAAAAAGGATAAAGGTTACAAAATCGTAAGTGCCGGTGATGTTCACTTAGAACCTATGGCTGTATACTCTAAAAAGTATAAAAGTTTAAAAGAATTACCAAAAGGTGCAACAGTCTATGTGTCTAATAATCCAGCTGAACAAGGACGTTTCTTAAAATTCTTCGTTGATGCAGGTTTAATTAAAATCAAAAAAGGCGTAAAAATTGAAGATGCTAAGTTTAGTGATATTACAGAGAATAAAAAAGATATT > USA300TCH1516_ALE/895235‑895510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |