| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC | USA300TCH1516_ALE | 62,818 | +CAATTT | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053 ← / ← speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 62817 | 0 (0.000) | 55 (0.610) +TCAATT |
45/252 | 1.5 | 100% | intergenic (‑284/+229) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 62818 = | 0 (0.000) | intergenic (‑285/+228) | USA300TCH1516_00053/speG | hypothetical protein/Spermidine N(1)‑acetyltransferase | |||||
AATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/62681‑62817‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAG > USA300TCH1516_ALE/62818‑62942 |||||| AATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAA < 2:80486/141‑1 GAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTA > 2:420462/1‑141 GAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTA > 2:622676/1‑141 ATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTT < 2:335176/141‑1 ACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAA > 2:749294/1‑141 AAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAG > 3:99451/1‑141 GGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCT < 1:258959/141‑1 GGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCT < 1:58493/141‑1 GGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTC > 2:528417/1‑111 GGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTC < 1:528417/111‑1 acaTACCACAAATAATGTTTGTGTAATTCTGATTACGTCCTATTAAGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCTAAGTGAAGGATGCTCTCAATTAATTTTTCTTGAAATTAATATAAGCTT < 2:314112/138‑1 CTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTC > 1:200261/1‑141 TTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCA > 2:433621/1‑141 TTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCA > 2:433609/1‑141 CAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGA < 1:458559/141‑1 AAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGA < 1:392375/141‑1 TGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAG > 2:622722/1‑141 GTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGT < 3:77235/141‑1 GTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATT > 1:60232/1‑141 GTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTTAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAA < 1:48299/141‑1 TTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAA < 2:199823/137‑1 TTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAA > 1:199823/1‑137 CGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTTAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTTATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAA < 2:752311/141‑1 CCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATC > 2:388781/1‑141 CTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCG > 1:14834/1‑141 TTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTA > 1:241080/1‑141 TTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAG < 1:696659/141‑1 TTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGAGAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAG < 1:420462/141‑1 AATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTA < 1:433621/141‑1 AATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTA < 1:433609/141‑1 ATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTAC > 2:330508/1‑141 TTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCATTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACC > 4:119179/1‑141 AATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGT > 2:719410/1‑141 GACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACA < 2:669438/141‑1 CAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGC > 2:359711/1‑141 AAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTGAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCG > 3:286965/1‑141 AAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATTGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGT < 4:99451/141‑1 AAATAAATTGAGAGCATCCTTCACTTTGCGGTAAGAGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTC > 2:333123/1‑141 ATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCAT > 3:21318/1‑141 TAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATC < 2:60232/141‑1 TTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTC > 2:99454/1‑141 TTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTC > 1:152970/1‑141 TTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTC > 4:191658/1‑141 TTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAA < 3:30261/65‑1 TTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAA > 4:30261/1‑65 GAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCAT > 3:11000/1‑141 GAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCAT < 2:200261/141‑1 CATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAAT < 2:152970/141‑1 CTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCG > 2:747507/1‑141 CTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCG < 4:115494/141‑1 CCGCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGA > 1:243131/1‑141 GCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTA > 3:304959/1‑100 GCAAAGTGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTA < 4:304959/100‑1 TGAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCA > 3:77463/1‑141 GAAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCACATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAA > 2:422759/1‑141 AAGGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAG > 1:784378/1‑141 GGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCA < 2:727653/43‑1 GGATGCTCTCAATTTATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCA > 1:727653/1‑43 |||||| AATAGAATTATTAAAACAACGCAAACAAGGCTTACTACAAAAAATGTTTGTGTAATTCTGATAACGTCCTATTATGTTAATTGAAAATAGACAAAAATAAATTGAGAGCATCCCTTACCGCAAAGTGAAGGATGCTC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/62681‑62817‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TATTTTTGTTGAAATTAATATAAGCTTCATTCTGATAGATAGTCATTAATAATTGTTTGCAAATCGTTATTAAGTACCGTTGTTACAGCGTCATCATTCATAAAATCCTCGTAGATTTTATCAAG > USA300TCH1516_ALE/62818‑62942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |