| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 407090 = | 103 (1.220) | 4 (0.050) | 4/236 | NT | 4.5% | intergenic (+5/+78) | USA300HOU_RS01880/kynB | putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 407140 = | 77 (1.000) | intergenic (+55/+28) | USA300HOU_RS01880/kynB | putative acetyl‑CoA acyltransferase/Kynurenine formamidase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTATCAGCCCTAAACCAAAAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/407241‑407090‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataacctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAATTGATCTA > USA300TCH1516_ALE/407140‑407277 CTATCAGCCCTAAACCAAAAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGA < 1:675479/141‑1CTATCAGACATAAACCAAAGAAGGCACCTGGATTCCCTGTTAGATGATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGA < 2:93783/141‑1 GCCCTAAACCAAAAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCT < 1:833822/141‑1 GCCCTAAACCAAAAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCT > 2:84133/1‑141 CCCTAAACCAAAAGATGCACGTGGGTTACATTTTAGAGCATTTGAAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAAGACTGTTGTGATAACCTG < 2:413248/141‑1 CCTAAACCAAAAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGT < 1:938532/141‑1 CCTAAACCAAAAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGT < 1:965994/141‑1 CTAAACCAAAAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATATAGCCATAAACAAATAAAATCAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTT < 2:895557/141‑1 ACCAAAAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATAAATACTGTTATGATAACCTTTTTTTt > 2:570550/1‑140 AAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACTTGTTTTTATTTGT > 2:973619/1‑141 TCAAAAAACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTCTGTTAACAATGAATTAATACTTTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTG < 1:973619/141‑1 AACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAG > 2:390271/1‑141 acaTGTTGTGATAATGTGTTTTGATGTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCA < 2:90460/138‑1 AACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTCGTCCTATGAGTGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAAT < 2:463224/141‑1 AACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGATGATAACATTAATCATGTCGTCACGAGTTGGTAAT > 2:5468/1‑141 AACCTGTTTTTATTTGTATATGTATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCCCGAGTTGtgaat > 2:34102/1‑136 ACCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTAGTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATCGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAATT > 2:632406/1‑141 CCTGTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAATTG > 2:95508/1‑141 tTTTTGATTTGTTTAGGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAATTGATC < 2:1002990/140‑1 GTTTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAATTGATC < 1:25468/141‑1 TTTTTATTTGTTTATGGATTGATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACACAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAATTGATCT < 2:201882/141‑1 TTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAATTGATCTA > 1:216467/1‑141 TTTTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAATTGATCTA > 1:898728/1‑141 CTATCAGCCCTAAACCAAAAGATGCACCTGGGTTCCCTGTTAGAGCATTTGCAATTAAACCATCAAATGACTAATATTACCCAATAAATCCATAAACAAATAAAAACAGGTTATGCCAACATGTAATTAATACTGTTGTGATAACCTGTTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/407241‑407090‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ataacctgttttTATTTGTTTATGGATTTATTGGGTAATATTAGTCATTTGATGGTTTAATTGCAAATGCTCTAACAGGGAACCCAGGTGCATCTTTTGGTTTAGGGCTGATAGCGTAAATGATGGCGCCACGAGTTGGTAATTGATCTA > USA300TCH1516_ALE/407140‑407277 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |