| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 40,898 | T→A | 5.4% | N79I (AAC→ATC) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 40,898 | 0 | T | A | 5.4% | 215.9 / 2.7 | 74 | N79I (AAC→ATC) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/41); new base A (2/2); total (31/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.57e-01 | |||||||||||
TAACTTCCACATACCATCTTCTTTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAATTTTTATCTTCAATTGCATCAATAGT > USA300TCH1516_ALE/40759‑41037 | tAACTTCCACATACCATCTTCTTTAACAAACTTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGtt < 1:367135/141‑1 (MQ=255)tAACTTCCACATACCATCTTCTTTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGtt < 1:917900/141‑1 (MQ=255)tAACTTCCACATACCATCTTCTTTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGtt < 1:329749/141‑1 (MQ=255) aaCTTCCACATACCATCTTCTTTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGttt > 1:896933/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aTACCATCTTCTTTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTa < 2:480308/141‑1 (MQ=255) tatcATCTTCTTTTACAATATTTAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTaa < 2:287819/138‑1 (MQ=255) ccATCTTCTTTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGTTACTTTTTTTTTTTTACATTCTTTCATGTTTATATTTTTAAct > 2:966351/1‑140 (MQ=255) ccATCTTCTTTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATAAAAGTTACCGTAGTTGCTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCTTTCTTTTTTTTTAGATACTTTTTTTTTTTTAATTTCCTTATTGTTTATATATTTatct > 2:976863/1‑138 (MQ=255) cATCTTCTTTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGc < 1:562397/141‑1 (MQ=255) aTCTTCTTTAACTAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTGTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGAGCCTGAATGTTTATATCTTTAACGcc < 2:701014/141‑1 (MQ=255) tcttctTTAACAAAATTAAATTGAACGTTTCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCt < 1:388718/141‑1 (MQ=255) cttcttTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTTGCTACTTTTTTTATTTTACTCTCTTTACTGTTTATATCTTTATTGCCtt > 2:244433/1‑140 (MQ=255) tcttTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATAAATGTTACCGGAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTaaa < 1:323030/141‑1 (MQ=255) cttTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACTATCCTGTATTTTTATATCTTTTACTCTTaaat > 2:74018/1‑140 (MQ=255) cttTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTCTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAAc > 1:752094/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aattGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGATTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATAttttt > 1:174834/1‑141 (MQ=255) aaCGTTGCGTTCAATGTTTGCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGTGCATGTACTCGTTTTTTATTTGTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCgg < 2:748804/141‑1 (MQ=255) gTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATTTTTATATCTTTAACGCTTAAACTATTATATATTTTTATCGGACg < 1:470547/141‑1 (MQ=255) gTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACg < 1:971112/141‑1 (MQ=255) gTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACg < 1:426733/141‑1 (MQ=255) tGCGATCATTGTTACTGTAGTTTGTTTTAATTTTATATGGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTTCGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGtt < 2:370424/141‑1 (MQ=255) cGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACTATCCTTAATTTTTATCTTTTTACTGCATATATTATTATATATTTTTCTTGGATGttta > 2:272135/1‑139 (MQ=255) aTGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCAtt < 2:969002/141‑1 (MQ=255) gTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTc < 1:440949/141‑1 (MQ=255) aGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCTTTAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAATTATTATATTTTTTTATCGTACTTTCCTTCATTTTTACTTCAc > 2:152483/1‑141 (MQ=255) aGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGCTCAGTCATTTCTACTTCAc > 1:576724/1‑141 (MQ=255) 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2:27867/141‑1 (MQ=255) cTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTAt > 1:445835/1‑141 (MQ=255) tttatttttaGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTtata < 1:317870/141‑1 (MQ=255) tttatttttaGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTtata < 1:803752/141‑1 (MQ=255) tttatttttaGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGATTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTtata < 2:615262/141‑1 (MQ=255) tttatttttaGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGATTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCAGTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTtata < 2:174834/141‑1 (MQ=255) cTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAAt > 1:876547/1‑141 (MQ=255) tttttATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAAtttt < 2:695704/141‑1 (MQ=255) tttttATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTATATCAAAAGTTCAGTCATTTATACCTCACCATTATCACTTTTAAAAATATAACTATTATATTTATAAACTTGTTTGAAAtttt > 2:123264/1‑141 (MQ=255) ttattttaCGATCCTTATTGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTTCTTCTCCATTATCGCTTTTAGATATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAATTTTTAt < 2:369630/141‑1 (MQ=255) attttcCGATCCTGTCTGTATGTATTTTTAACGCTTAAACTATTATATATTTTTATTGTACTTTCAGTCTTTTCTACTTCACTATTATCGCTTTTATAAATATACATGTTATCTTTATATACTTGTTTTAAATTTTTTTCt > 2:633646/1‑141 (MQ=255) attttaTGATTCTGAATGTTTATATCTTTATCTCCTAAACTATTATATATTTTTTTCGGACTTTTAGTTTTTTCTTCTTCACCATTATTTCTTTTAAAAATATAACTCTTTTTTTTATAAACTTGTTTTAAAttttttttt > 2:158463/1‑137 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1:436000/141‑1 (MQ=255) tttaCGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAATTTTTATCTTc < 1:128002/141‑1 (MQ=255) tttaCGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAATTTTTATCTTc < 1:822603/141‑1 (MQ=255) tttaCGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAATTTTTATCTTc > 1:67378/1‑141 (MQ=255) taCGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCAGGTGGACTACCGCCTGTTCTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAATTTTTATCTTCaa < 1:752359/141‑1 (MQ=255) aCGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATGAACTTGTTTGAAATTTTTATCTTCAAt < 1:261095/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAATTTTTATCTTCAATTGCATCAATAGt < 1:884548/141‑1 (MQ=255) gTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAATTTTTATCTTCAATTGCATCAATAGt < 1:604371/141‑1 (MQ=255) | TAACTTCCACATACCATCTTCTTTAACAAAATTAAATTGAACGTTGCGATCAATGTTACCGTAGTTTGTTTTAATTTTATATTGAGCATCTACTCGTTTTTTATTTTTAGATACTTTTTTTATTTTACGATCCTGAATGTTTATATCTTTAACGCCTAAACTATTATATATTTTTATCGGACGTTCAGTCATTTCTACTTCACCATTATCGCTTTTAGAAATATAACTGCTATCTTTATAAACTTGTTTGAAATTTTTATCTTCAATTGCATCAATAGT > USA300TCH1516_ALE/40759‑41037 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |