| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2062972 | 92 (0.710) | 12 (0.100) | 8/226 | NT | 13.1% | intergenic (+53/+137) | pheA/sdcS | prephenate dehydratase/DASS family divalent anion:sodium (Na+) symporter |
| ? | CP000730 | = 2062986 | 78 (0.680) | intergenic (+67/+123) | pheA/sdcS | prephenate dehydratase/DASS family divalent anion:sodium (Na+) symporter | |||||
CGTTCAGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2062820‑2062972‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtcaaccaaggatGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATATCG < CP000730/2062986‑2062847 tgttttttCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAG > 2:245713/9‑141 GTTCAGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGT > 1:978159/1‑141 AGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAAC < 2:856087/141‑1 GATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGG < 1:1443120/141‑1 GATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGG > 1:123889/1‑141 GATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGG < 1:841248/141‑1 GATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAACAAAGAGTCAACCAAGG < 2:1403813/141‑1 ATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTCGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGA > 1:1222064/1‑141 ATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATAGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGA < 1:1610055/141‑1 TTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAT > 1:1487087/1‑141 ACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTT < 1:315371/141‑1 ACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTT < 1:255067/141‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 1:192876/141‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 2:508341/141‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 2:650164/141‑1 CGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAA < 2:309135/141‑1 TAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTT < 2:613939/141‑1 AAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTG < 2:380301/141‑1 TCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTC < 2:852791/141‑1 TTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTT < 1:94662/140‑1 TTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTT > 2:94662/1‑140 CTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAACAAAAGAA‑‑AGTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAG < 1:897785/141‑1 GTCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACT < 1:448464/141‑1 TCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTT < 2:611489/141‑1 TCAACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTT > 1:1344181/1‑141 AACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTC > 1:969342/1‑141 AACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTC < 1:1207854/141‑1 ACCAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCT > 2:968575/1‑141 ACCAACGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCAATTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCT < 2:205067/141‑1 CAAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTT < 1:1016692/141‑1 AAGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTA < 1:1640288/141‑1 AGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGGCTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTAT < 1:1038316/141‑1 AGGATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTAT < 2:1069367/141‑1 GATGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATAT < 1:703423/141‑1 TGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATATCG > 2:1304698/1‑141 TGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATATCG > 1:684598/1‑141 CGTTCAGGCTGATTCTGCAATTACAACCGATATAAAGAAAGTCATTGCTATTTTAGAAACCTTAGATTTCAAAGTAGAAATGATTGGTGCTTTTAATTAAACTTTATTTTCTAGGTTCTACAATTTAAATAAAATAAAGAGTCAACCAAGGAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP000730/2062820‑2062972‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agtcaaccaaggatGGATTCCTATTTTAATCCTTGGTTGACTCTTTATTTTATTTAAATTGTAGAACCTAGAAAATAAAGTTTAATTAAAAGCACCAATCATTTCTACTTTGAAATCTAAGGTTTCTAAAATAGCAATGACTTTCTTTATATCG < CP000730/2062986‑2062847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |