| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000730 | = 2716752 | 118 (0.910) | 6 (0.050) | 4/232 | NT | 4.9% | intergenic (+60/+90) | ynzC/USA300HOU_2569 | hypothetical protein/possible lactoylglutatione lyase |
| ? | CP000730 | = 2716804 | 123 (1.040) | intergenic (+112/+38) | ynzC/USA300HOU_2569 | hypothetical protein/possible lactoylglutatione lyase | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 193 total aligned reads displayed.
GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGC > CP000730/2716612‑2716892 | gTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 2:1414115‑M1/1‑141 (MQ=255)gTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 1:1651848‑M1/1‑141 (MQ=255)gTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATAC > 1:57425‑M1/1‑141 (MQ=255) tGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACt < 2:1071851/141‑1 (MQ=255) ggTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTg > 1:914996/1‑141 (MQ=255) ggTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTg < 1:1305175/141‑1 (MQ=255) aTCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGa > 1:374983/1‑141 (MQ=255) tCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGacac < 1:817402/141‑1 (MQ=255) gTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTaa > 2:828541/1‑141 (MQ=255) gTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTaa < 2:609852/141‑1 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aTAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGc < 2:685369/141‑1 (MQ=255) tAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATAATCAAAACTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCGCTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGca > 1:1426245/1‑141 (MQ=255) gTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACAtt > 1:166234/1‑141 (MQ=255) gTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGATACATACAACATTAATATTTCCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGTCCTCATAAACAAAGCCGATGCTGCTTGAAGACAGTCATGTGTCGCACCaacatgcgcagg > 2:143155/1‑130 (MQ=255) ttATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTAc < 1:1408783/141‑1 (MQ=255) tATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACg > 1:943877/1‑141 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1:482514‑M1/141‑52 (MQ=255) cGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCAtctc < 2:751415/141‑1 (MQ=255) gCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACagagatgaagcgtaatgtgcaccatggtgcgacacattagtgtcttcaatca < 1:1249156‑M1/141‑53 (MQ=255) caacaaTACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgt < 2:1052332‑M2/141‑3 (MQ=255) caacaaTACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgt > 1:1570682‑M2/1‑139 (MQ=255) acaaTACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgtat > 1:819008‑M2/1‑137 (MQ=255) acaaTACGGGTATATNCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgtat < 2:458309‑M2/141‑5 (MQ=255) tACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgtatgggc > 1:1466837‑M2/1‑133 (MQ=255) aCGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgtatgggct < 2:1607635‑M2/141‑10 (MQ=255) cGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgtatgggctt < 1:1007733‑M2/141‑11 (MQ=255) ggTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTgtatgggcttt > 2:716269‑M2/1‑130 (MQ=255) 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2:1097726‑M1/1‑6 (MQ=255) CCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAAc > 2:914996‑M1/1‑141 (MQ=255) ttACTGATTGAGGACACTAATGTGTCGCTCTAAGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCCTTTTATTTATTCTTTTGAGACTGTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTATAATTGTCTCAATCCAGATCCTTGAAcct < 2:629570/140‑3 (MQ=255) ACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACattt < 1:349790‑M1/141‑2 (MQ=255) ACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTg < 1:251069‑M1/141‑1 (MQ=255) ACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTg < 1:687290‑M1/141‑1 (MQ=255) | GTGGTTGATCCAATCGGTCAGGATGTCACACCAGATAAAGTTTATGATCTTCGCCAACAATACGGTTATATTCAAAATTAATATTTGCTCACGAGGTATTGCACTTAAGGTGCCAACTGACCTCATAAACAAAGCCCATACTGATTGAAGACACTAATGTGTCGCACCATGGTGCACATTACGCTTCATCTCTGTATGGGCTTTTTATTTATTCTTTTGAGAATTTCATTTTAGCAGACCAAAAAATTAAAATGGTGTCCATCAAGATCTTTGAACATTGC > CP000730/2716612‑2716892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |