BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	CP000730	2,211,248	A→T	9.2%	S9R (AGT→AGA)	USA300HOU_2086 ←	hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	CP000730	2,211,248	0	A	T	9.2%	297.2 / 7.3	110	S9R (AGT→AGA)	USA300HOU_2086	hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (53/44); new base T (2/10); total (55/55)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.53e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 111 total aligned reads displayed.

CATGTCATGCTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGT  >  CP000730/2211110‑2211388

cATGTCGTGCTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGGTGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACt                                                                                                                                            <  2:462797/141‑1 (MQ=255)

     cATGCTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGACGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATg                                                                                                                                       <  1:1225588/141‑1 (MQ=255)

          tACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTg                                                                                                                                  <  1:312321/141‑1 (MQ=255)

          tACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTg                                                                                                                                  >  2:1117283/1‑141 (MQ=255)

           aCTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGc                                                                                                                                 <  1:563007/141‑1 (MQ=255)

           aCTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTACGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGc                                                                                                                                 >  1:1641980/1‑141 (MQ=255)

              ttGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTat                                                                                                                              <  1:1593928/141‑1 (MQ=255)

               tGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGATGGTAGGACGATGCGACTGGATGTAGTGATagg                                                                                                                             >  2:134811/1‑139 (MQ=14)

                 aTGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGGGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTAATAAATAGGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatgat                                                                                                                           >  1:450074/1‑141 (MQ=11)

                      cTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGc                                                                                                                      >  1:1581603/1‑141 (MQ=255)

                       gatctccACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCa                                                                                                                     <  1:514098/136‑1 (MQ=255)

                        ggTACCACGGTGCGTCTTGATGTAGTGCTGGTATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTCAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCAt                                                                                                                    <  2:1432349/141‑1 (MQ=14)

                        ggTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCAt                                                                                                                    <  1:1521271/141‑1 (MQ=255)

                          tgccatggtgtgttttGATGTAGTGCTAGGGTGTGGCATTGTGGTGTTATTGTGTTGTAGTGAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTg                                                                                                                  <  2:313445/127‑1 (MQ=14)

                            ccACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCg                                                                                                                >  2:1322683/1‑141 (MQ=255)

                            ccACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCg                                                                                                                >  1:420487/1‑141 (MQ=255)

                              aCGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCggt                                                                                                              >  1:996226/1‑141 (MQ=255)

                              aCGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCggt                                                                                                              >  1:116740/1‑141 (MQ=255)

                                ggtgtgTCTTGGTGTAGGGCTGTGATGTGGCCTTGTGTTGTTATGGTGTTATGGTCAGGGTTGGGGTTTATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCggtgt                                                                                                            <  2:1253019/136‑1 (MQ=17)

                                 gtGCGTCTTGGTGTAGTGTTATGGTGTGGCCTTGTGGTGTTATGGTGTTGTAGTGGGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCggtgtt                                                                                                           <  2:889301/140‑1 (MQ=17)

                                   gCGTCTTGGTGCAGTCCTACGATGTCGCCTTGCGGTGTTATCGTGTTGTTGTGGGGGTTGGCGGTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCggtgttat                                                                                                         <  2:490622/141‑1 (MQ=17)

                                     gTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATCGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCgctgttatgg                                                                                                       >  2:744760/1‑141 (MQ=255)

                                      ttttGGTGTAGTGTTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCgctgttatggt                                                                                                      <  2:388073/139‑1 (MQ=11)

                                      tCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCggtgttatggt                                                                                                      >  2:1384392/1‑141 (MQ=255)

                                      tCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCggtgttatggt                                                                                                      >  1:628461/1‑141 (MQ=255)

                                         tGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCggtgttatggtgtt                                                                                                   >  1:1133245/1‑141 (MQ=255)

                                              tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGTGGTAGTGCTATGATGTGGCACTGCGGGGTAATGGGGTTATAGa                                                                                              >  1:1629352/1‑141 (MQ=17)

                                              tAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGa                                                                                              <  1:1497690/141‑1 (MQ=255)

                                               agtgttggtgtgttGCATTGTGGTGTTGTGGTGTTATTGTCGGGTTTGGGGGTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAc                                                                                             <  2:1540075/131‑1 (MQ=14)

                                                gTGCTGTGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGTGAGGTTTGGGGGTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAcc                                                                                            <  2:1024071/141‑1 (MQ=17)

                                                gTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACGACGATGCGACTTGACGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGCGTTATAgccg                                                                                            >  2:1416357/1‑138 (MQ=14)

                                                      tggtgtgGCATTGCGGTTTTGTGGTGTTATAGTCAGGGTTGGCGGAGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttg                                                                                      <  2:1520699/138‑1 (MQ=17)

                                                        gtgtgGCATTGCGGTGTTGTGGTGTTATAGTGAGGTTTGGCGTTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgat                                                                                    <  2:1179032/140‑1 (MQ=255)

                                                         tgtgGCATTGCGGTGTTGTGGTGTTGTAGACGGGTTTGGGGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatg                                                                                   <  1:195817/141‑1 (MQ=255)

                                                          gtgGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgt                                                                                  >  1:548618/1‑141 (MQ=255)

                                                             gCATTGCGGTGTTGTGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttga                                                                               <  1:138385/141‑1 (MQ=255)

                                                             gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttga                                                                               >  2:1579192/1‑141 (MQ=255)

                                                             gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGGTGTTACGGTGTTATAGACCGGTttggtgttga                                                                               >  2:1309809/1‑141 (MQ=255)

                                                             gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttga                                                                               >  1:256918/1‑141 (MQ=255)

                                                             gCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttga                                                                               >  1:1493497/1‑141 (MQ=255)

                                                                ttGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGTTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGc                                                                            <  1:842763/141‑1 (MQ=255)

                                                                 tgttgtgttgttgtgttctTGACGGTGTTGGTTTAGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTGTGATGTGGCATTGCGGGGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGcc                                                                           <  2:1565527/137‑1 (MQ=14)

                                                                  gCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGATGTTGATGTCa                                                                          >  2:435562/1‑141 (MQ=255)

                                                                   cGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCAt                                                                         >  2:1596039/1‑141 (MQ=255)

                                                                    ggtgttgtggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATg                                                                        <  1:1206883/141‑1 (MQ=255)

                                                                    ggtgttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATg                                                                        <  1:1337908/141‑1 (MQ=255)

                                                                     gtgttgttgtgttgttGTCGGGTTTTGCGGTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGt                                                                       <  2:776457/141‑1 (MQ=14)

                                                                      tgttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATgat                                                                      >  1:182116/1‑139 (MQ=255)

                                                                        ttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAc                                                                    <  1:343617/141‑1 (MQ=255)

                                                                        ttatggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGGTAc                                                                    >  2:1278325/1‑141 (MQ=255)

                                                                        ttatggtgttatAGACAGGCTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTAc                                                                    >  2:243575/1‑141 (MQ=255)

                                                                          atggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACtt                                                                  <  1:500946/141‑1 (MQ=255)

                                                                           tggtgttgttgtggggTTTGGGGGTGATGTCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACttt                                                                 <  2:1031971/127‑1 (MQ=14)

                                                                            ggtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGGTGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTg                                                                >  2:726115/1‑141 (MQ=255)

                                                                             gtgttatAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGa                                                               >  1:927571/1‑141 (MQ=255)

                                                                                 tataGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGAtgtg                                                           >  1:956722/1‑141 (MQ=255)

                                                                                     gACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTgg                                                       >  1:912893/1‑141 (MQ=255)

                                                                                      aCAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGt                                                      <  1:756971/141‑1 (MQ=255)

                                                                                        aGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGc                                                    >  1:795973/1‑141 (MQ=255)

                                                                                         ggTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTCTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCt                                                   <  1:1195906/141‑1 (MQ=255)

                                                                                         ggTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAACGGATGGCTGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCt                                                   <  1:1291935/141‑1 (MQ=255)

                                                                                              ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgat                                                                              >  2:820433/1‑109 (MQ=255)

                                                                                              ggCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTttgatgttgat                                                                              <  1:820433/109‑1 (MQ=255)

                                                                                                gggtcaTGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGCCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGc                                            <  2:1525370/136‑1 (MQ=255)

                                                                                                cGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGc                                            >  1:873201/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                 gTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTGGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCg                                           <  1:878153/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                    gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt                                        >  2:488192/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                    gATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACt                                        >  1:1087812/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                     aTGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACtt                                       <  1:1614068/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                       gCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGa                                     <  1:972282/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                        ccATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGTCATGTTATTTTGATGTTCTGGTGCTTTGATGCGACTTggt                                    >  2:1511126/1‑139 (MQ=17)

                                                                                                          aTGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGt                                  <  1:1117283/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                          aTGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGt                                  >  2:713656/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                            gTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAg                                <  2:1466935/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                              tACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCggtgttat                                                                                                         >  2:1042413/1‑66 (MQ=35)

                                                                                                              tACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCggtgttat                                                                                                         <  1:1042413/66‑1 (MQ=37)

                                                                                                              tACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTg                              >  1:1177680/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                               aCTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGc                             >  1:693895/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                cTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCt                            >  1:259494/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                    gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatga                        >  1:940761/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                    gATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatga                        <  1:218127/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                     aTGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTatgat                       <  2:1373268/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                      tgtgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTTCGATGGGACTTGGTGTAGTGCTatgatg                      >  2:1639413/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                       gtgCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGt                                                      <  2:517701/108‑1 (MQ=255)

                                                                                                                       gtgCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGt                                                      >  1:517701/1‑108 (MQ=25)

                                                                                                                        tgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGttt                                                                                       >  1:671375/1‑74 (MQ=40)

                                                                                                                        tgCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGttt                                                                                       <  2:671375/74‑1 (MQ=255)

                                                                                                                          cTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGc                  >  1:949462/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                          cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGc                  >  2:1366056/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                          cTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGc                  >  2:433688/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             gTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGtt               >  1:267245/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                 cACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGAACGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTgcgc           <  1:744760/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                  aCGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTGCTTTGATGCGCTGGTGTTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGTTGTGGCGTTGCGCt          >  2:1128626/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                   cGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg         <  2:1057738/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                   cGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTg         <  1:119297/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                    gATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt        <  2:628461/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                    gATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGt        >  2:1503591/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                     ttGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGtt       <  2:933194/140‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                       gCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGTTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTAt     <  1:1537844/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                          aCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGgt  >  1:772220/1‑141 (MQ=255)

CATGTCATGCTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGTCTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACAGGTTTGGCGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTACCACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCATTGCGGTGTTATGGTGTTATAGACCGGTTTGATGTTGATGCCATGTTACTTTGATGTGCTGGTGCTACGATGCGACTTGATGTAGTGCTATGATGTGGCGTTGCGCTGTTATGGT  >  CP000730/2211110‑2211388

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 22 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`