| Predicted mutation | |||||||
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| RA | CP000730 | 2,586,327 | G→T | 5.5% | I133I (ATC→ATA) | pepA ← | M42 family glutamyl aminopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,586,327 | 0 | G | T | 5.5% | 574.4 / 2.1 | 173 | I133I (ATC→ATA) | pepA | M42 family glutamyl aminopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (68/90); new base T (11/2); total (80/93) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 181 total aligned reads displayed.
TCAAATGCTTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTGATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATTCCACCATCCACCAAC > CP000730/2586187‑2586467 | tCAAATGCTTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTg < 1:1395930/141‑1 (MQ=255)tCAAATGCTTTCGCAGTTAAATAGTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTg < 2:660081/141‑1 (MQ=255)tCAAATGCCTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTGTATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTg < 2:1069755/141‑1 (MQ=255) aTGCTTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTGAttt > 2:54387/1‑141 (MQ=255) 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tttttGATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATtccaccatcca < 2:508314/141‑1 (MQ=255) tttttGATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATtccaccatcca < 2:1195833/141‑1 (MQ=255) tGATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCCTGAATTCATTCCACCATCCACCaa > 1:1262781/1‑141 (MQ=255) gATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATTCCACCATCCACCAAc < 1:1137982/141‑1 (MQ=255) gATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATTCCACCATCCACCAAc < 2:1293351/141‑1 (MQ=255) | TCAAATGCTTTCGCAGTTAAATATTTATCATTTGCAAGCACTTCAAATTCACTATATGGCGTAACCATATTGCCTACTTCAACGCCAGCTTCTTCAGCTTCTTCCTTGCTACTAACACCAATATCTATAAACATATTTTTGATTTCCATTGGCTTTTTACGTTCTTCAGGCGTTAAGACATGTGGCGGTTTAGAACCGATGATACCTCTAATTTCTTTGCCCGAATCTGTTGTAATCGTTACTTTTTGAGATAGCATGACTTGATTCCACCATCCACCAAC > CP000730/2586187‑2586467 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |