| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP000730 | 2,607,228 | 0 | G | A | 6.5% | 506.8 / 3.3 | 174 | intergenic (‑25/+226) | USA300HOU_2469/USA300HOU_2470 | hypothetical protein/dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (93/66); new base A (2/13); total (95/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.47e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 180 total aligned reads displayed.
TATTGCTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGAAAATGAAAAAATTTTTATAATCTATAATTATGAACATTACAGATTATAAACCATAACACTAACATCGTCGCCTTCATTAACTTGATTGTTAAAATCAGCAATTACTGAGAATTGTACAAGGAATAATTGCCTATTA > CP000730/2607090‑2607365 | tatTGCTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGaa > 1:1288596/1‑141 (MQ=255)tatTGCTTTTTGTTTTTCTTTTTCGTCATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGGTGGaa > 1:520273/1‑141 (MQ=255) gCTTTTTGTTTTTTTTTTTCGTCATATCTCACTTTTAAATAAATGCCTGATGCAACTATATATATACCTAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATTTTTTTTTTTCATTAAAGTAACTCCTAATATGTAGTGGAAAAtt > 2:1282793/1‑140 (MQ=25) gCTTTTTGTTTTTCTTTTTTTTTATATTTCACTTTTAAATAAATGACTGATGCAACTATACATATACATAAAATGACACCAATAATTATAAAAACATGTTTTTTGTTCATTAAAGTAACTCCTAAAATGTGTTGGAAAAtt > 2:374216/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |